More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_03130 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_03130  transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  672    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 297 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2888  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25320  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 301 aa  89.4  7e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  28.35 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24930  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.187297  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3766  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.59 
 
 		 313 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4154  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1907  transcriptional regulator  23.26 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  25.65 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  25.65 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 337 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  25.65 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28.5 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.03 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  25.65 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  28.65 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0570  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  25.65 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  25.65 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2536  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.481736 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2202  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.18 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  27.18 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  27.18 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.18 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.18 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  26.94 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.18 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.18 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4355  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  25.54 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 299 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3524  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76062  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 302 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 299 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  25.48 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  25.48 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1243  transcriptional regulator, LysR family  24.87 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.0485343 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  25.48 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>