More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2668 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2668  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 539 aa  1113    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1791  aldolase/synthase, putative  37.73 
 
 		 534 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0787  pyruvate carboxyltransferase  25.09 
 
 		 531 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2258  pyruvate carboxyltransferase  27.21 
 
 		 328 aa  99.4  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.711145 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0140  pyruvate carboxyltransferase  29.48 
 
 		 352 aa  98.2  4e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    unclonable  0.00000000000000672144 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2157  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.93 
 
 		 341 aa  94.7  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2608  hypothetical protein  26.82 
 
 		 295 aa  94  6e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0987  hypothetical protein  29.44 
 
 		 344 aa  91.3  4e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.861522  normal  0.983085 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2735  hypothetical protein  25.77 
 
 		 295 aa  90.5  7e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2298  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  37.25 
 
 		 341 aa  88.2  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13506  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.44 
 
 		 336 aa  87  8e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1775  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.64 
 
 		 338 aa  83.2  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.35 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.739871  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0890  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.19 
 
 		 347 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0238  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  37.96 
 
 		 351 aa  80.5  0.00000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2454  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.8 
 
 		 347 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0727  hypothetical protein  26.23 
 
 		 330 aa  79.3  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2590  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.8 
 
 		 347 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  28.57 
 
 		 383 aa  76.6  0.0000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3072  HMG-CoA lyase-like  27.68 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.357205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2034  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.97 
 
 		 343 aa  73.2  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2116  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  33.1 
 
 		 340 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1619  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  27.69 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5438  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.24 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113513  normal  0.601738 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5835  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.24 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.633164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4743  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  27.52 
 
 		 344 aa  68.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4743  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.91 
 
 		 336 aa  68.2  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0441  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  32.43 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216235  decreased coverage  0.00115827 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4391  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.42 
 
 		 337 aa  67  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3470  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  24.15 
 
 		 344 aa  66.2  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0590543  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0911  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  25.1 
 
 		 358 aa  65.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9113  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  32.85 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3301  pyruvate carboxyltransferase  24.81 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0533542  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1801  trans-homoaconitate synthase  27.61 
 
 		 393 aa  64.7  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.803537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2573  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.24 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  26.29 
 
 		 377 aa  64.7  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1245  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  24.35 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0128  pyruvate carboxyltransferase  27.09 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  26.74 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  39.02 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2888  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.8 
 
 		 350 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3238  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.88 
 
 		 353 aa  63.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.193087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4567  pyruvate carboxyltransferase  27.52 
 
 		 348 aa  63.2  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000479779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2007  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.29 
 
 		 339 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2149  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.57 
 
 		 342 aa  63.5  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  37.08 
 
 		 385 aa  63.2  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3808  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.91 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00669855 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3801  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  32.41 
 
 		 339 aa  62  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.831034 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2882  pyruvate carboxyltransferase  30.5 
 
 		 377 aa  61.6  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1083  pyruvate carboxyltransferase  25.71 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  26.34 
 
 		 390 aa  61.2  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5234  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.1 
 
 		 350 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899862  normal  0.187556 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2269  homocitrate synthase  23.74 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.613685  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13567  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  24.74 
 
 		 346 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000946481 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2761  homocitrate synthase  24.48 
 
 		 391 aa  60.8  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.258866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3501  putative alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase family transferase  30.42 
 
 		 537 aa  60.8  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2360  pyruvate carboxyltransferase  27.65 
 
 		 479 aa  60.5  0.00000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1649  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.85 
 
 		 339 aa  60.5  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264755  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5042  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.1 
 
 		 353 aa  60.5  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.228973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  25.51 
 
 		 377 aa  59.7  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3321  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  33.57 
 
 		 358 aa  60.1  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7644  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  23.72 
 
 		 342 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.934418 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4224  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.1 
 
 		 363 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4659  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.1 
 
 		 353 aa  60.1  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890029  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1468  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  22.81 
 
 		 347 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2313  putative alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase family transferase  34.95 
 
 		 522 aa  59.7  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4747  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.1 
 
 		 353 aa  60.1  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.2534 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  23.24 
 
 		 386 aa  59.3  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  23.24 
 
 		 386 aa  59.3  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  37.5 
 
 		 382 aa  59.3  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  40.51 
 
 		 383 aa  59.3  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  26.22 
 
 		 390 aa  59.3  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1298  2-isopropylmalate synthase  26.05 
 
 		 500 aa  59.3  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0597  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.1 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3603  pyruvate carboxyltransferase  38.75 
 
 		 375 aa  58.2  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.109467 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  26.25 
 
 		 383 aa  58.2  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0505  2-isopropylmalate synthase  32.56 
 
 		 507 aa  58.5  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  23.72 
 
 		 377 aa  58.5  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  34.41 
 
 		 398 aa  58.2  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0854  trans-homoaconitate synthase  34.78 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000165834  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2462  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.33 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.320363 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2612  pyruvate carboxyltransferase  38.04 
 
 		 455 aa  57.8  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  36.36 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  25.7 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  28.4 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0833  pyruvate carboxyltransferase  35.29 
 
 		 373 aa  57.4  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1153  trans-homoaconitate synthase  25.1 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1522  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  24.31 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0536  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  25.38 
 
 		 355 aa  57  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  24.44 
 
 		 382 aa  57  0.0000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3687  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.42 
 
 		 346 aa  57  0.0000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2410  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.48 
 
 		 336 aa  57  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28701  homocitrate synthase  23.21 
 
 		 451 aa  57  0.0000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.453642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3025  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.57 
 
 		 333 aa  57  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0603  2-isopropylmalate synthase  24.9 
 
 		 522 aa  56.6  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0910176 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10860  2-isopropylmalate synthase  24.73 
 
 		 515 aa  56.2  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  25.38 
 
 		 386 aa  57  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  24.54 
 
 		 388 aa  56.2  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0232  trans-homoaconitate synthase  37.36 
 
 		 388 aa  55.8  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1586  pyruvate carboxylase subunit B  26.77 
 
 		 573 aa  55.8  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.526056  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>