57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1585 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1585  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 239 aa  497  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000139754  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0290  TetR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 248 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0660721  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1415  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 260 aa  55.5  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1609  transcriptional regulator, TetR family  24.55 
 
 		 239 aa  55.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0298  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 267 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.985491  normal  0.0279616 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4025  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 221 aa  50.1  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3997  hypothetical protein  43.33 
 
 		 250 aa  49.3  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.435374 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4183  TetR family transcriptional regulator  22.91 
 
 		 263 aa  48.9  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302127 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 214 aa  48.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0277  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 261 aa  47.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00084176 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0326  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 263 aa  47.4  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4177  TetR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 254 aa  47.4  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.526119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2533  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 252 aa  46.2  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0424  TetR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 200 aa  45.8  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1936  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 193 aa  45.4  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0855  transcriptional regulator, TetR family  22.7 
 
 		 244 aa  45.4  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1426  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 204 aa  45.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0803354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4852  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 315 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0972  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.93446  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0235  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 225 aa  44.3  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4514  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 202 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.603185  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5445  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 225 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0069  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 219 aa  44.3  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 251 aa  43.9  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 228 aa  44.3  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5417  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 225 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.618934  decreased coverage  0.00324744 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.25 
 
 		 218 aa  43.5  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.25 
 
 		 218 aa  43.5  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.25 
 
 		 218 aa  43.5  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 199 aa  43.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2189  TetR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 222 aa  43.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11710  transcriptional regulator, tetR family  24.14 
 
 		 237 aa  43.1  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.010685  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 205 aa  42.7  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4300  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 190 aa  42.7  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3212  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 223 aa  42.4  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0414  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 202 aa  42.7  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 235 aa  42.4  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  42.4  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 196 aa  42.4  0.007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 197 aa  42.4  0.007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 252 aa  42.4  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0973  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 199 aa  42.4  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.342069 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 203 aa  42  0.008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2527  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 207 aa  42  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3455  regulatory protein TetR  27.27 
 
 		 196 aa  42  0.008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.336833  normal  0.0784455 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5792  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 216 aa  42  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 202 aa  42  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6216  transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 		 208 aa  42  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 202 aa  42  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4353  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 195 aa  42  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2871  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 213 aa  42  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1694  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 252 aa  42  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.239761 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 202 aa  42  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0316  putative transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 211 aa  41.6  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2868  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 184 aa  41.6  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0239599 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>