More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1258 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1258  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210097 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1960  IclR family transcriptional regulator  64.8 
 
 		 256 aa  330  2e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.124593  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2760  regulatory protein IclR  42.57 
 
 		 259 aa  201  7e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2272  IclR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.344477  hitchhiker  0.000000361839 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3282  IclR family transcriptional regulator  30 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0217163 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2877  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 274 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0370  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 274 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.013251  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2994  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0847126  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1747  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 274 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.273271  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5523  IclR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 257 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1233  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 274 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00230944  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5338  IclR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 257 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4749  IclR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 257 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0411  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1560  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.552414  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0136  IclR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.731827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4847  IclR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0298139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2434  IclR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 272 aa  108  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5394  IclR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 274 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.340198 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0796  IclR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 252 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.060065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2281  regulatory proteins, IclR  29.63 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.864202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4303  IclR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 270 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2201  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  105  8e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2965  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 272 aa  105  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2487  transcriptional regulator KdgR  30.77 
 
 		 258 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.823978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02755  transcriptional regulator  35.24 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0308  regulatory protein IclR  32.14 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0234  IclR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1794  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.353439  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0636  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2367  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314257  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1074  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0830  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6921  transcriptional regulator, IclR family  30.04 
 
 		 262 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.095189  normal  0.134919 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1611  IclR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1151  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.82938  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6756  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.152181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0227  IclR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 259 aa  99.8  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0816  IclR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 289 aa  99.4  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1090  regulatory proteins, IclR  27.69 
 
 		 253 aa  98.2  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6042  transcriptional regulator, IclR family  31.02 
 
 		 261 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3127  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7200  transcriptional regulator, IclR family  30.56 
 
 		 261 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.07043 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1542  IclR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 260 aa  92  9e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4980  regulatory protein IclR  30.56 
 
 		 260 aa  89.4  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.0161062 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1548  IclR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 256 aa  89.4  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.88716 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3400  IclR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 268 aa  87.8  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.966908 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 263 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  27.53 
 
 		 266 aa  82.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  27.53 
 
 		 266 aa  82.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  28.74 
 
 		 262 aa  82  0.000000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 262 aa  82  0.000000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  29.01 
 
 		 267 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  28.57 
 
 		 262 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0188  regulatory proteins, IclR  30.56 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 257 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2381  IclR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5832  IclR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5435  IclR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.517409 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1825  transcriptional regulator, IclR family  30.04 
 
 		 266 aa  73.2  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  0.0157827 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  27.03 
 
 		 259 aa  72.4  0.000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  27.39 
 
 		 280 aa  72  0.000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  24.29 
 
 		 256 aa  72  0.000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 267 aa  71.6  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  26.53 
 
 		 267 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2380  IclR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102909  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 267 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1418  regulatory protein, IclR  26.98 
 
 		 254 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000240863  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5126  transcriptional regulator, IclR family  27.31 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2380  IclR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.610686  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1072  IclR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0478344  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  28.84 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4749  transcriptional regulator, IclR family  27.32 
 
 		 253 aa  68.6  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  26.05 
 
 		 261 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2316  IclR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.812394  normal  0.959704 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  26.29 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  26.05 
 
 		 261 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3648  transcriptional regulator, IclR family  24.71 
 
 		 263 aa  67  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.87063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6149  IclR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.508102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  26.85 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1099  transcriptional regulator, IclR family  25.76 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00311315  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3122  IclR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.255406  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1332  IclR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2498  IclR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1311  IclR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512593  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0976  IclR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 250 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0591  IclR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0315  IclR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.301467  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1238  IclR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.159312  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  25.93 
 
 		 250 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  25.58 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  25.58 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>