More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0486 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0486  response regulator receiver (CheY-like) modulated CheW protein  100 
 
 		 176 aa  364  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0364  thioredoxin  33.68 
 
 		 146 aa  71.2  0.000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0591  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region/thioredoxin-related  36.67 
 
 		 471 aa  70.9  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.945166  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0636  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.25 
 
 		 466 aa  67.4  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.619274 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0135  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.56 
 
 		 596 aa  65.1  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.276724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0651  hypothetical protein  34.52 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4244  protein-disulfide reductase  32.53 
 
 		 600 aa  64.7  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4360  thiol:disulfide interchange protein  31.33 
 
 		 603 aa  64.3  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0322676  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2382  Protein-disulfide reductase  29.75 
 
 		 581 aa  64.3  0.0000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  7.870920000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.69 
 
 		 602 aa  63.2  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04029  disulphide-isomerase  32.95 
 
 		 529 aa  62.4  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0123  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.27 
 
 		 591 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0310589 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0081  protein-disulfide reductase  32 
 
 		 558 aa  60.1  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4907  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.86 
 
 		 602 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.955907 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2980  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.26 
 
 		 611 aa  59.3  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702235  normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0822  Highly conserved protein containing a thioredoxin domain  33.33 
 
 		 590 aa  59.3  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0928635  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2856  hypothetical protein  26.36 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4740  thioredoxin domain-containing protein  29.89 
 
 		 531 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.738245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5329  thioredoxin domain-containing protein  29.89 
 
 		 566 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5532  thioredoxin domain-containing protein  29.89 
 
 		 531 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5403  thioredoxin domain-containing protein  29.89 
 
 		 534 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.236496  normal  0.698068 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3273  thioredoxin domain-containing protein  29.89 
 
 		 576 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0349373 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4856  thioredoxin domain-containing protein  29.89 
 
 		 531 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0125  hypothetical protein  29.89 
 
 		 556 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1181  thiol:disulfide interchange protein DsbD  26.74 
 
 		 628 aa  57.8  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.753424  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1456  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  25.86 
 
 		 406 aa  57  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1636  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  31.65 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2885  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.07 
 
 		 449 aa  57.4  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.326316 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3953  Thioredoxin domain  27.27 
 
 		 162 aa  57  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0388  Thioredoxin domain protein  27.27 
 
 		 466 aa  56.6  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2760  thiol:disulfide interchange protein  31.18 
 
 		 589 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.364714  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2780  thioredoxin-related protein-like protein  25.62 
 
 		 391 aa  56.2  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0175859  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0805  Thioredoxin domain protein  26.37 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32590  thiol:disulfide interchange protein  32.26 
 
 		 589 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426474  normal  0.0965179 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0626  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.56 
 
 		 471 aa  55.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.690861  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  33.02 
 
 		 609 aa  56.2  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2056  putative lipoprotein  28.74 
 
 		 522 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.740123  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1364  putative lipoprotein  28.74 
 
 		 522 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419734  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1452  disulphide-isomerase  28.74 
 
 		 522 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7116  thioredoxin domain protein  29.55 
 
 		 161 aa  55.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_7011  Thioredoxin domain protein  26.26 
 
 		 326 aa  55.8  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.817681  normal  0.78664 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2347  putative lipoprotein  28.74 
 
 		 522 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.74497  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3231  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins  28.74 
 
 		 522 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.804297  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1082  putative lipoprotein  28.74 
 
 		 522 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.27834  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3272  Protein-disulfide reductase  32.95 
 
 		 611 aa  55.8  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0226485 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0617  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.56 
 
 		 471 aa  55.5  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0979  protein of unknown function DUF255  30.86 
 
 		 536 aa  55.5  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.571094  normal  0.95271 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0427  hypothetical protein  26.36 
 
 		 155 aa  54.7  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00405131  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3116  thioredoxin domain-containing protein  27.59 
 
 		 522 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  30 
 
 		 567 aa  54.7  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6051  thioredoxin domain protein  25 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0119737  normal  0.502924 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  30 
 
 		 567 aa  54.7  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.57 
 
 		 595 aa  54.3  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4066  Thioredoxin domain protein  29.21 
 
 		 157 aa  54.3  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.57 
 
 		 595 aa  54.3  0.0000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.57 
 
 		 595 aa  54.3  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.35 
 
 		 608 aa  53.9  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4398  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.81 
 
 		 606 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.898445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1683  thiol:disulfide interchange protein DsbD  26.83 
 
 		 624 aa  53.5  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.424941  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1855  protein of unknown function DUF255  26.39 
 
 		 172 aa  53.5  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0131  thioredoxin domain-containing protein  26.17 
 
 		 149 aa  53.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000222115  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.56 
 
 		 611 aa  53.1  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.88 
 
 		 619 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4741  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.75 
 
 		 567 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0722  hypothetical protein  28.89 
 
 		 586 aa  53.5  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  29.47 
 
 		 603 aa  53.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0545  thiol:disulfide interchange protein DsbD  26.53 
 
 		 616 aa  53.1  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.221768  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2281  Thioredoxin domain  29.55 
 
 		 504 aa  53.1  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0701  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.53 
 
 		 616 aa  53.1  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0529075  hitchhiker  0.000000140832 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.75 
 
 		 567 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  27.78 
 
 		 586 aa  52.4  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2613  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  26.55 
 
 		 421 aa  52.4  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4142  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.67 
 
 		 581 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.25 
 
 		 592 aa  52.4  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.75 
 
 		 567 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3415  disulfide reductase  24.51 
 
 		 623 aa  52.4  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.189847 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0079  Protein-disulfide reductase  28.85 
 
 		 557 aa  52.4  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000987227 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.88 
 
 		 583 aa  52.4  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3801  protein-disulfide reductase  24.47 
 
 		 571 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1653  hypothetical protein  27.71 
 
 		 449 aa  51.6  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1646  hypothetical protein  27.71 
 
 		 449 aa  52  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0806  protein of unknown function DUF255  28.04 
 
 		 274 aa  52  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.862822  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1471  thioredoxin  22.99 
 
 		 137 aa  51.6  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000657673  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2274  protein of unknown function DUF255  30.12 
 
 		 552 aa  52  0.000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.134722 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2038  Thioredoxin domain protein  28.75 
 
 		 357 aa  51.6  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.571694  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.92 
 
 		 619 aa  51.6  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1953  putative thiol:disulfide interchange protein DsbD  22.64 
 
 		 627 aa  51.2  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.684775  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2602  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  22.64 
 
 		 627 aa  51.2  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.88 
 
 		 583 aa  51.2  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3747  thiol:disulfide interchange protein DsbD  22.64 
 
 		 627 aa  51.6  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.14193  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0520  protein-disulfide reductase  30.85 
 
 		 610 aa  51.6  0.000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00644414  normal  0.263509 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3507  putative thiol:disulfide interchange protein DsbD  22.64 
 
 		 627 aa  51.2  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.456139  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3559  protein-disulfide reductase  24.47 
 
 		 570 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.88 
 
 		 619 aa  51.2  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3717  thiol:disulfide interchange protein, putative  22.64 
 
 		 627 aa  51.2  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3140  putative thiol:disulfide interchange protein DsbD  22.64 
 
 		 627 aa  51.2  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64080  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.66 
 
 		 591 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4858  thiol:disulfide interchange protein DsbD  26.88 
 
 		 604 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4167  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  23.08 
 
 		 586 aa  51.2  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00156  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.59 
 
 		 592 aa  51.2  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>