More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2960 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  265  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  265  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  265  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  100 
 
 		 293 aa  265  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  265  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  265  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2960  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 130 aa  264  2.9999999999999995e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  264  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2730  LysR family transcriptional regulator  99.23 
 
 		 293 aa  261  2e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.118271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  83.85 
 
 		 299 aa  233  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  83.85 
 
 		 314 aa  233  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  83.85 
 
 		 299 aa  232  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  83.85 
 
 		 299 aa  232  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  83.85 
 
 		 299 aa  232  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  71.54 
 
 		 291 aa  201  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 304 aa  101  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 290 aa  97.8  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 290 aa  94  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 290 aa  94  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 290 aa  94  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 290 aa  94  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 290 aa  94  7e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 290 aa  93.6  8e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 290 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 300 aa  93.2  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 288 aa  92  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 699 aa  89.4  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 288 aa  88.2  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  39.37 
 
 		 302 aa  87.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 305 aa  86.3  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 304 aa  85.9  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 301 aa  85.5  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 309 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  38.71 
 
 		 305 aa  85.9  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 304 aa  84.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 305 aa  84.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  38.58 
 
 		 302 aa  84  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 290 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 293 aa  83.6  8e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 341 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 341 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 341 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 341 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.82 
 
 		 290 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0854  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.89 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  39.02 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 308 aa  81.6  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 321 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 299 aa  81.3  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 306 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 300 aa  78.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 292 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 294 aa  78.2  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 291 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 291 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 297 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 291 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 314 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 297 aa  77.4  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  34.35 
 
 		 294 aa  77.4  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.01 
 
 		 325 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  77  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  77  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  77  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  77  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 295 aa  76.6  0.00000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 337 aa  76.6  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 288 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0895  putative transcriptional regulator  34.4 
 
 		 284 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899891  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 288 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 314 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  33.59 
 
 		 285 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 295 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 293 aa  75.1  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 296 aa  74.7  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 298 aa  74.7  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 283 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 288 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 288 aa  73.9  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 288 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 288 aa  73.9  0.0000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 288 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>