More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3839 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 358 aa  729    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 358 aa  729    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 340 aa  349  4e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  50.76 
 
 		 339 aa  346  3e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 345 aa  345  7e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  50 
 
 		 352 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 337 aa  309  5e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 358 aa  302  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 343 aa  295  6e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 347 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  44.51 
 
 		 335 aa  289  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 338 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 365 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 		 375 aa  272  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 351 aa  270  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 363 aa  266  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 335 aa  253  5.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 333 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 335 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 360 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  38.11 
 
 		 366 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 350 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 350 aa  155  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 351 aa  145  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  28.61 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 337 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  29.72 
 
 		 353 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 353 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 347 aa  139  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  29.81 
 
 		 390 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 353 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  28.34 
 
 		 362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1198  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 348 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.462338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  29.31 
 
 		 337 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  28.75 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1176  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 345 aa  129  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214328 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 376 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 338 aa  125  9e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  27.79 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 365 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 327 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 353 aa  123  4e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  27.69 
 
 		 372 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 339 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  30.79 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  26.87 
 
 		 346 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 345 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  26.63 
 
 		 334 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  26.56 
 
 		 348 aa  116  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  30.41 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  26.91 
 
 		 337 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0267  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 341 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  26.75 
 
 		 333 aa  106  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  26.02 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1288  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 		 373 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  27.15 
 
 		 373 aa  103  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 360 aa  103  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 341 aa  103  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 362 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2508  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  26.75 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  28.78 
 
 		 366 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  27.12 
 
 		 360 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5495  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 309 aa  100  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.143439  normal  0.457572 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 366 aa  100  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 356 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 198 aa  99  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  28.09 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 343 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 348 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 338 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 342 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 369 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 337 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 336 aa  97.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  29.18 
 
 		 330 aa  95.9  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  23.69 
 
 		 344 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  26.97 
 
 		 354 aa  95.1  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 342 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>