More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2190 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  79.75 
 
 		 474 aa  782    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 474 aa  972    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.32 
 
 		 478 aa  387  1e-106  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.76 
 
 		 472 aa  380  1e-104  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.52 
 
 		 513 aa  353  5e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.62 
 
 		 472 aa  348  1e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  43.04 
 
 		 483 aa  335  1e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.23 
 
 		 500 aa  334  2e-90  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.03 
 
 		 499 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.24 
 
 		 498 aa  312  6.999999999999999e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.77 
 
 		 500 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.8 
 
 		 411 aa  308  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.42 
 
 		 464 aa  305  8.000000000000001e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.84 
 
 		 516 aa  291  3e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.1 
 
 		 494 aa  281  2e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.98 
 
 		 498 aa  270  2.9999999999999997e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  37.95 
 
 		 546 aa  269  1e-70  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.42 
 
 		 531 aa  268  1e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.36 
 
 		 514 aa  261  2e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  38.34 
 
 		 572 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  35.29 
 
 		 442 aa  251  2e-65  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  36.36 
 
 		 473 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  36.59 
 
 		 473 aa  250  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  35.96 
 
 		 603 aa  249  1e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  36.14 
 
 		 473 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  36.73 
 
 		 473 aa  246  8e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  38.44 
 
 		 485 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  38.23 
 
 		 473 aa  244  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  38.18 
 
 		 498 aa  244  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  38.18 
 
 		 473 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.37 
 
 		 468 aa  239  6.999999999999999e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  36.08 
 
 		 532 aa  236  6e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.52 
 
 		 425 aa  193  7e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  31.62 
 
 		 605 aa  181  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  32.73 
 
 		 605 aa  179  9e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.75 
 
 		 403 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  28.19 
 
 		 395 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  26.35 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  31.78 
 
 		 363 aa  143  7e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  33.33 
 
 		 365 aa  141  3e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  30.03 
 
 		 365 aa  138  2e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  31.83 
 
 		 365 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  28.57 
 
 		 384 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.6 
 
 		 374 aa  136  7.000000000000001e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  28.49 
 
 		 384 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  29.24 
 
 		 384 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  28.3 
 
 		 384 aa  133  6e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  30.81 
 
 		 369 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.21 
 
 		 361 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  26.3 
 
 		 390 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  25.76 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.29 
 
 		 365 aa  120  6e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  32.3 
 
 		 349 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  36.92 
 
 		 349 aa  113  6e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  32.62 
 
 		 355 aa  106  9e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  25.44 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  25.87 
 
 		 468 aa  104  3e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  24.29 
 
 		 468 aa  98.2  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  25.61 
 
 		 464 aa  96.3  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  24.31 
 
 		 515 aa  95.9  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  25.22 
 
 		 489 aa  94.4  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  24.56 
 
 		 521 aa  92.4  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  25.95 
 
 		 479 aa  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  25.42 
 
 		 461 aa  92.4  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2315  glutamate decarboxylase  24.93 
 
 		 464 aa  92  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  25.27 
 
 		 464 aa  91.7  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  25.6 
 
 		 466 aa  90.5  5e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  25.66 
 
 		 473 aa  90.5  6e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.41 
 
 		 412 aa  90.1  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  25.63 
 
 		 463 aa  89.7  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  24.93 
 
 		 460 aa  89.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  25 
 
 		 461 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  24.73 
 
 		 464 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  22.93 
 
 		 466 aa  84  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  24.93 
 
 		 468 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  23.04 
 
 		 464 aa  82  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.79 
 
 		 466 aa  80.1  0.00000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  25 
 
 		 470 aa  79  0.0000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1581  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.68 
 
 		 475 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  25.54 
 
 		 466 aa  77.4  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  24.86 
 
 		 496 aa  77  0.0000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  22.54 
 
 		 460 aa  76.3  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  21.52 
 
 		 461 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4374  glutamate decarboxylase  22.8 
 
 		 466 aa  74.7  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  21.52 
 
 		 461 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  21.52 
 
 		 461 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  23.24 
 
 		 463 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  23.16 
 
 		 488 aa  72.8  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  24.83 
 
 		 557 aa  72  0.00000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  24.83 
 
 		 557 aa  72  0.00000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  22.94 
 
 		 455 aa  70.5  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3820  glutamate decarboxylase GadB  24.65 
 
 		 466 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143383 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2341  glutamate decarboxylase  22.11 
 
 		 466 aa  69.7  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0367356  normal  0.0856253 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2106  glutamate decarboxylase GadA  24.72 
 
 		 466 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.139391 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  24.72 
 
 		 466 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  24.72 
 
 		 466 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0200  glutamate decarboxylase  24.72 
 
 		 466 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.718769 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1682  glutamate decarboxylase GadB  24.72 
 
 		 466 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3720  glutamate decarboxylase GadA  24.72 
 
 		 466 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  21.53 
 
 		 569 aa  68.9  0.0000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>