More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4019 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007488  RSP_4019  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 334 aa  659    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  27.76 
 
 		 317 aa  104  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  25.08 
 
 		 294 aa  102  7e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  30.86 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 326 aa  99.4  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 314 aa  99  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 304 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 417 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 301 aa  95.9  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 419 aa  95.1  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 481 aa  92.8  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  23.88 
 
 		 299 aa  92.8  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 301 aa  92.4  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 434 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 320 aa  90.5  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  90.9  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 315 aa  90.5  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 318 aa  90.1  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  90.1  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.26 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 318 aa  89.7  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 302 aa  89.4  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 302 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 338 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 298 aa  89  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.62 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 415 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  33.05 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 304 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 294 aa  87.8  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1035  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.04 
 
 		 299 aa  87  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  86.3  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  26.76 
 
 		 304 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 298 aa  85.9  9e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.91 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 304 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.95 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  26.91 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.91 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.91 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.91 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.91 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.62 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  31.03 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.62 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  26.62 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.27 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 406 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.62 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.34 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 417 aa  83.6  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 426 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.58 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  33.16 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0801  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.48497  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>