More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3063 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3063  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 446 aa  877    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.214783  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3791  AMP-dependent synthetase and ligase  96.19 
 
 		 446 aa  836    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.636512 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3895  hypothetical protein  76.01 
 
 		 446 aa  627  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1127  AMP-dependent synthetase and ligase  43.85 
 
 		 447 aa  336  5.999999999999999e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0813  AMP-dependent synthetase and ligase  42.51 
 
 		 449 aa  330  3e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4047  AMP-dependent synthetase and ligase  40.05 
 
 		 447 aa  328  9e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3967  AMP-dependent synthetase and ligase  42.51 
 
 		 447 aa  328  1.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.923272  normal  0.0394514 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  32.23 
 
 		 449 aa  242  1e-62  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.745476  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3230  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 		 526 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1373  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 		 383 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2384  long chain acyl-CoA synthetase  28.27 
 
 		 522 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.838987  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3655  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.86 
 
 		 483 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334351  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3728  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.86 
 
 		 483 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.38736 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 511 aa  123  8e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 		 510 aa  122  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1098  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5054  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 		 453 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.606706 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2525  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.57 
 
 		 478 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.539052 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4593  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 453 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6726  AMP-dependent synthetase and ligase  32.81 
 
 		 473 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149024  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19550  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.61 
 
 		 533 aa  119  9.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3492  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 555 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.117017  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0130  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 502 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4133  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.24 
 
 		 490 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.731956  normal  0.7945 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  33.24 
 
 		 4575 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.8 
 
 		 483 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188298  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3296  AMP-dependent synthetase and ligase  29.79 
 
 		 502 aa  117  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0486472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8762  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.55 
 
 		 510 aa  117  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.225168 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4336  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 515 aa  117  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0623029  hitchhiker  0.00463044 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 509 aa  116  6e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4311  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.92 
 
 		 477 aa  116  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.569405 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 		 487 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 		 490 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3772  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  30.86 
 
 		 531 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.910601 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8226  AMP-dependent synthetase and ligase  31.96 
 
 		 515 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.198543  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2939  AMP-dependent synthetase and ligase  29.79 
 
 		 502 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.572456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  29.79 
 
 		 502 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0995  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 		 460 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.537701  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  29.13 
 
 		 506 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.32 
 
 		 519 aa  113  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  29.88 
 
 		 503 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.79 
 
 		 514 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  31.52 
 
 		 521 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3946  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 		 523 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 551 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4020  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 		 523 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.165206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3294  Acyl transferase  32.15 
 
 		 6768 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3807  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 473 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00941755  normal  0.205802 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3960  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 		 523 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.454538  normal  0.0173498 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 		 5154 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5076  AMP-dependent synthetase and ligase  30.63 
 
 		 459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273302  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 		 502 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2861  AMP-dependent synthetase and ligase  33.54 
 
 		 508 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.213595 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3821  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 473 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3895  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 473 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.452933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3351  AMP-dependent synthetase and ligase  30.92 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.156488 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  29.86 
 
 		 564 aa  111  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1028  putative AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 530 aa  111  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0219794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2882  AMP-dependent synthetase and ligase  27.57 
 
 		 514 aa  111  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.3 
 
 		 529 aa  110  6e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 		 525 aa  110  7.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 505 aa  110  7.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3072  hypothetical protein  27.67 
 
 		 448 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  29.23 
 
 		 569 aa  109  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2704  AMP-dependent synthetase and ligase  33.64 
 
 		 545 aa  109  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1101  malonyl-CoA synthase  33.53 
 
 		 530 aa  109  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  26.5 
 
 		 495 aa  109  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.215812  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.4 
 
 		 510 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.4 
 
 		 510 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  28.78 
 
 		 577 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 521 aa  108  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.69 
 
 		 510 aa  108  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.91 
 
 		 510 aa  108  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 		 501 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 		 546 aa  108  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.4 
 
 		 510 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 		 521 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  28.44 
 
 		 495 aa  108  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2870  malonyl-CoA synthase  30.95 
 
 		 506 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689672  normal  0.236454 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  31.29 
 
 		 553 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.2 
 
 		 510 aa  107  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4529  AMP-dependent synthetase and ligase  30.23 
 
 		 529 aa  107  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4305  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 		 467 aa  107  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.315541  normal  0.51495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6445  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 542 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.607182  hitchhiker  3.41608e-16 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  27.79 
 
 		 523 aa  107  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  28.61 
 
 		 662 aa  107  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.2 
 
 		 510 aa  107  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.2 
 
 		 510 aa  107  6e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.2 
 
 		 510 aa  107  6e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.2 
 
 		 510 aa  107  6e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.79 
 
 		 572 aa  106  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  29.5 
 
 		 585 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  23.77 
 
 		 474 aa  106  7e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0805  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 469 aa  106  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197617  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  27.69 
 
 		 518 aa  106  9e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  26.92 
 
 		 508 aa  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2771  malonyl-CoA synthase  30.81 
 
 		 536 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.594073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  28 
 
 		 541 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 		 591 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  29.09 
 
 		 518 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>