More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3230 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3230  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 526 aa  1061    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4529  AMP-dependent synthetase and ligase  51.97 
 
 		 529 aa  501  1e-140  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3946  AMP-dependent synthetase and ligase  42.61 
 
 		 523 aa  386  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4020  AMP-dependent synthetase and ligase  42.61 
 
 		 523 aa  386  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.165206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3960  AMP-dependent synthetase and ligase  42.23 
 
 		 523 aa  383  1e-105  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.454538  normal  0.0173498 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0707  putative AMP-dependent synthetase and ligase  40.23 
 
 		 536 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.706357 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3492  AMP-dependent synthetase and ligase  37.78 
 
 		 555 aa  306  7e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.117017  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0558  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 584 aa  283  8.000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 553 aa  273  5.000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 		 551 aa  262  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4042  AMP-dependent synthetase and ligase  33.82 
 
 		 582 aa  253  9.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4746  putative o-succinylbenzoate--CoA synthetase  31.51 
 
 		 601 aa  252  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 570 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1823  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 590 aa  242  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  0.0118022 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  32.36 
 
 		 587 aa  241  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 525 aa  233  7.000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0775  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 		 583 aa  232  1e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3399  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 		 574 aa  231  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00771865 
 
 
-
 
NC_006687  CNE01100  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  33.99 
 
 		 644 aa  229  1e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0681  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 570 aa  226  6e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.577585  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2124  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 565 aa  223  4e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.370117  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0237  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 		 602 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0280787 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 510 aa  217  5e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 		 511 aa  216  7e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 		 518 aa  216  9e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2153  AMP-dependent synthetase and ligase  28.93 
 
 		 591 aa  216  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 520 aa  213  5.999999999999999e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 511 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.81 
 
 		 514 aa  213  9e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.62 
 
 		 561 aa  211  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 525 aa  211  3e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.75 
 
 		 513 aa  211  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1650  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 571 aa  211  4e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.67945  normal  0.887385 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.05 
 
 		 582 aa  210  5e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.87 
 
 		 563 aa  209  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.05 
 
 		 563 aa  209  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.4 
 
 		 561 aa  208  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  32.61 
 
 		 516 aa  208  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.97 
 
 		 561 aa  208  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.23 
 
 		 561 aa  207  3e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  31.27 
 
 		 533 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3598  AMP-dependent synthetase and ligase  33.62 
 
 		 578 aa  207  6e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158457  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.74 
 
 		 506 aa  206  6e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.04 
 
 		 561 aa  207  6e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 		 519 aa  206  7e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 505 aa  206  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.87 
 
 		 563 aa  206  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.87 
 
 		 563 aa  206  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.87 
 
 		 582 aa  206  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 566 aa  205  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.54 
 
 		 521 aa  204  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.05 
 
 		 512 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 520 aa  204  4e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 		 502 aa  204  4e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  32.1 
 
 		 520 aa  203  6e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 527 aa  201  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 		 515 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  34 
 
 		 508 aa  202  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 499 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  30.13 
 
 		 539 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  31.31 
 
 		 490 aa  201  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.5 
 
 		 529 aa  200  6e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 508 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  27.61 
 
 		 518 aa  198  3e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.4 
 
 		 491 aa  197  3e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  32.45 
 
 		 487 aa  197  3e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 524 aa  197  3e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 499 aa  196  6e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 		 512 aa  196  7e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1417  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.8 
 
 		 528 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.72 
 
 		 519 aa  196  8.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1480  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.81 
 
 		 512 aa  196  1e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5286  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.6 
 
 		 523 aa  196  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.680641  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 		 520 aa  195  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 		 527 aa  195  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  28.18 
 
 		 557 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  33 
 
 		 536 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0489  AMP-dependent synthetase and ligase  30.84 
 
 		 569 aa  195  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.248205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  31.55 
 
 		 505 aa  194  3e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5079  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.75 
 
 		 506 aa  194  3e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.216799 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  28.4 
 
 		 514 aa  194  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4694  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.75 
 
 		 506 aa  194  3e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.107104  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.75 
 
 		 506 aa  194  3e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7687  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  33.2 
 
 		 500 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.18 
 
 		 570 aa  194  4e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.21 
 
 		 510 aa  193  7e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  29.9 
 
 		 556 aa  192  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  28.63 
 
 		 564 aa  192  1e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2660  AMP-dependent synthetase and ligase  37.25 
 
 		 510 aa  192  1e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.846562  normal  0.161262 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.86 
 
 		 503 aa  192  1e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 503 aa  192  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 495 aa  192  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 		 585 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  32.36 
 
 		 500 aa  192  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.21 
 
 		 491 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1547  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.27 
 
 		 526 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19550  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.98 
 
 		 533 aa  191  2.9999999999999997e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  29.11 
 
 		 566 aa  190  4e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.86 
 
 		 510 aa  191  4e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 		 512 aa  191  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>