More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03130 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  100 
 
 		 289 aa  574  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  91 
 
 		 297 aa  508  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  91 
 
 		 297 aa  508  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 301 aa  358  7e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 306 aa  354  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  61.51 
 
 		 296 aa  347  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  60.96 
 
 		 297 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 295 aa  325  7e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  57.93 
 
 		 313 aa  321  7e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 297 aa  318  5e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 297 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 297 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 297 aa  318  5e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 297 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  60.34 
 
 		 297 aa  318  6e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0177  transcriptional regulator, putative  60 
 
 		 297 aa  316  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  58.97 
 
 		 297 aa  317  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6069  RpiR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 312 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 324 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2767  RpiR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 312 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 324 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2129  RpiR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 312 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2741  RpiR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 312 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 287 aa  280  3e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  47.4 
 
 		 287 aa  271  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 287 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 287 aa  266  4e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 286 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  46.69 
 
 		 286 aa  252  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  45.99 
 
 		 286 aa  244  9e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 293 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  35.89 
 
 		 287 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 305 aa  171  9e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 305 aa  171  9e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  35.54 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  34.49 
 
 		 287 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.69 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.57 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.68 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  33.69 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.13 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  33.69 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.65 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.65 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  34.8 
 
 		 288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  34.51 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.65 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.43 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.29 
 
 		 284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.07 
 
 		 285 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.06 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.85 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.85 
 
 		 290 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.85 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.85 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.46 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 284 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1854  RpiR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 380 aa  135  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.270537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.29 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.77 
 
 		 284 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.77 
 
 		 284 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.77 
 
 		 284 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.77 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.27 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.42 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.29 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 283 aa  134  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.42 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.42 
 
 		 284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.42 
 
 		 284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.42 
 
 		 284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.42 
 
 		 284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 281 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  34.93 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.42 
 
 		 284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 285 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.65 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.78 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 281 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.42 
 
 		 284 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 273 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 282 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>