More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2495 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2783  homoserine dehydrogenase  89.93 
 
 		 441 aa  753    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3996  homoserine dehydrogenase  82.5 
 
 		 439 aa  698    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1647  homoserine dehydrogenase  78.9 
 
 		 440 aa  666    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2966  homoserine dehydrogenase  94.95 
 
 		 440 aa  798    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2816  homoserine dehydrogenase  85.32 
 
 		 440 aa  741    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2495  homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 439 aa  872    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35731  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2309  homoserine dehydrogenase  80.73 
 
 		 440 aa  682    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2074  homoserine dehydrogenase  61.64 
 
 		 435 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1387  homoserine dehydrogenase  60.05 
 
 		 433 aa  512  1e-144  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3264  homoserine dehydrogenase  61.33 
 
 		 440 aa  509  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1967  homoserine dehydrogenase  59.86 
 
 		 440 aa  502  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2243  homoserine dehydrogenase  60.09 
 
 		 440 aa  502  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.550813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1922  homoserine dehydrogenase  60.55 
 
 		 440 aa  496  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.103261 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1453  homoserine dehydrogenase  56.24 
 
 		 440 aa  493  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0771081  hitchhiker  0.000482851 
 
 
-
 
NC_004310  BR1274  homoserine dehydrogenase  56.01 
 
 		 439 aa  491  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61587  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1917  homoserine dehydrogenase  55.78 
 
 		 439 aa  490  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2919  homoserine dehydrogenase  60.73 
 
 		 438 aa  489  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.256136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2698  homoserine dehydrogenase  59.73 
 
 		 440 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.491627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1739  homoserine dehydrogenase  55.1 
 
 		 441 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150104 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1237  homoserine dehydrogenase  55.78 
 
 		 439 aa  487  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0179197  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1545  homoserine dehydrogenase  54.65 
 
 		 441 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.927693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2279  homoserine dehydrogenase  54.65 
 
 		 440 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.010802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3521  homoserine dehydrogenase  60.82 
 
 		 428 aa  481  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.843712 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1922  homoserine dehydrogenase  55.78 
 
 		 436 aa  480  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2946  homoserine dehydrogenase  51.61 
 
 		 438 aa  425  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.470523  hitchhiker  0.00956277 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2273  homoserine dehydrogenase  49.77 
 
 		 428 aa  398  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2998  homoserine dehydrogenase  48.86 
 
 		 428 aa  388  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.49984  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2410  homoserine dehydrogenase  48.74 
 
 		 430 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.615883  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0403  homoserine dehydrogenase  46.9 
 
 		 428 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2504  homoserine dehydrogenase  49.54 
 
 		 437 aa  372  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.240754 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0834  homoserine dehydrogenase  47.36 
 
 		 428 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.354577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3678  homoserine dehydrogenase  46.79 
 
 		 438 aa  374  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2164  homoserine dehydrogenase  46.92 
 
 		 428 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0414769 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1298  homoserine dehydrogenase  50.34 
 
 		 429 aa  369  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.220896  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2057  homoserine dehydrogenase  46.67 
 
 		 428 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0125  homoserine dehydrogenase  45.84 
 
 		 436 aa  356  5e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4731  homoserine dehydrogenase  47.34 
 
 		 444 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.911552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1439  homoserine dehydrogenase  45.37 
 
 		 436 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0389041  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3010  homoserine dehydrogenase  44.7 
 
 		 440 aa  336  5.999999999999999e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.448241  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  42.02 
 
 		 436 aa  335  7e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  42.47 
 
 		 436 aa  335  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2274  homoserine dehydrogenase  45.5 
 
 		 433 aa  334  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1629  homoserine dehydrogenase  41.8 
 
 		 436 aa  332  8e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000170153  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1693  homoserine dehydrogenase  41.57 
 
 		 436 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.240016  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  41.87 
 
 		 438 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1822  homoserine dehydrogenase  44.49 
 
 		 437 aa  326  6e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0019  homoserine dehydrogenase  43.41 
 
 		 435 aa  325  7e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1290  homoserine dehydrogenase  43.99 
 
 		 463 aa  325  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555525  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1470  homoserine dehydrogenase  42.34 
 
 		 434 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.219263 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0843  homoserine dehydrogenase  44.52 
 
 		 437 aa  324  2e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4251  homoserine dehydrogenase  42.34 
 
 		 434 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1075  homoserine dehydrogenase  42.34 
 
 		 434 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.23224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1383  homoserine dehydrogenase  43.15 
 
 		 434 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00178253  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4149  homoserine dehydrogenase  42.34 
 
 		 434 aa  323  5e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490184  normal  0.418936 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16070  homoserine dehydrogenase  43.15 
 
 		 434 aa  322  8e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1480  homoserine dehydrogenase  43.24 
 
 		 434 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0473  homoserine dehydrogenase  46.12 
 
 		 436 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  40.77 
 
 		 428 aa  320  1.9999999999999998e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1027  homoserine dehydrogenase  42.79 
 
 		 434 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632336 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1214  homoserine dehydrogenase  40.49 
 
 		 439 aa  320  3e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.610813  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3765  homoserine dehydrogenase  40.54 
 
 		 433 aa  320  3.9999999999999996e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000524334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0633  Homoserine dehydrogenase  45.97 
 
 		 440 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  42.25 
 
 		 439 aa  320  3.9999999999999996e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1393  Homoserine dehydrogenase  45.32 
 
 		 449 aa  319  7e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0904  homoserine dehydrogenase  41.15 
 
 		 437 aa  319  7e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1048  homoserine dehydrogenase  41.15 
 
 		 437 aa  319  7e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0597  homoserine dehydrogenase  44.7 
 
 		 436 aa  318  1e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  39.55 
 
 		 436 aa  318  1e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  42.51 
 
 		 439 aa  318  1e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1209  homoserine dehydrogenase  43.84 
 
 		 450 aa  314  1.9999999999999998e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0141244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39490  homoserine dehydrogenase  44.34 
 
 		 439 aa  314  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.126248  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  39.78 
 
 		 436 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  41.44 
 
 		 440 aa  312  6.999999999999999e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0291  homoserine dehydrogenase  40.85 
 
 		 438 aa  311  1e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1281  Homoserine dehydrogenase  47.09 
 
 		 437 aa  311  2e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  40.36 
 
 		 442 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2578  homoserine dehydrogenase  41.16 
 
 		 435 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2386  homoserine dehydrogenase  42.22 
 
 		 436 aa  306  6e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  42.19 
 
 		 447 aa  306  7e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  41.65 
 
 		 449 aa  305  9.000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  40.45 
 
 		 436 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1419  homoserine dehydrogenase  40.94 
 
 		 442 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470223  normal  0.0359318 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0498  Homoserine dehydrogenase  38.6 
 
 		 441 aa  303  5.000000000000001e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  40.94 
 
 		 442 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  40.13 
 
 		 443 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  40.76 
 
 		 444 aa  302  8.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1263  homoserine dehydrogenase  41.96 
 
 		 439 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.692056 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  40.94 
 
 		 443 aa  301  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  40 
 
 		 436 aa  301  1e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1202  homoserine dehydrogenase  41.72 
 
 		 439 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0498363 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  40.72 
 
 		 442 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  40.72 
 
 		 442 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1294  homoserine dehydrogenase  37.98 
 
 		 438 aa  300  2e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333989  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0169  Homoserine dehydrogenase  40.23 
 
 		 423 aa  300  3e-80  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  39.72 
 
 		 448 aa  300  4e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3394  homoserine dehydrogenase  43.6 
 
 		 434 aa  300  4e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1764  homoserine dehydrogenase  40.27 
 
 		 442 aa  299  6e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.336124 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2454  homoserine dehydrogenase  45.04 
 
 		 436 aa  299  8e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.38424  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  40.14 
 
 		 436 aa  298  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1144  homoserine dehydrogenase  39.59 
 
 		 420 aa  297  3e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.233501  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>