More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1255 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1153  AMP-dependent synthetase and ligase  90.5 
 
 		 535 aa  949    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1255  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 506 aa  1036    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  49.5 
 
 		 512 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2967  AMP-dependent synthetase and ligase  46.31 
 
 		 502 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.360291  normal  0.639003 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2354  putative acetyl-CoA synthetase  47.56 
 
 		 511 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.804997 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2517  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.03 
 
 		 513 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.94794  normal  0.130311 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5819  AMP-dependent synthetase and ligase  47.46 
 
 		 507 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.28201  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.71 
 
 		 520 aa  234  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 		 525 aa  233  5e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 520 aa  224  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 		 508 aa  224  3e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.56 
 
 		 519 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  31.52 
 
 		 515 aa  221  3e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  29.53 
 
 		 499 aa  220  5e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 		 520 aa  217  4e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  31.74 
 
 		 506 aa  217  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  31.66 
 
 		 505 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  32.07 
 
 		 492 aa  214  2.9999999999999995e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 521 aa  213  4.9999999999999996e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 		 512 aa  212  1e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.43 
 
 		 513 aa  211  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  28.66 
 
 		 490 aa  210  6e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 		 518 aa  209  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 		 515 aa  209  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  31.6 
 
 		 5154 aa  208  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  29.32 
 
 		 495 aa  206  7e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 		 521 aa  206  8e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  30.92 
 
 		 508 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  29.67 
 
 		 511 aa  205  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.36 
 
 		 514 aa  205  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 		 516 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  31.54 
 
 		 510 aa  204  4e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  30.2 
 
 		 508 aa  203  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 		 662 aa  203  6e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  29.62 
 
 		 522 aa  203  8e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3333  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 519 aa  202  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1585  AMP-binding domain protein  27.62 
 
 		 549 aa  200  5e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 521 aa  200  6e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0327  AMP-binding domain protein  27.85 
 
 		 549 aa  200  6e-50  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.347146  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 		 539 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.08 
 
 		 524 aa  199  9e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 		 508 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6735  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 503 aa  199  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  28.82 
 
 		 511 aa  199  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  31.85 
 
 		 511 aa  198  2.0000000000000003e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 		 506 aa  198  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  31.92 
 
 		 504 aa  197  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 		 493 aa  197  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3655  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.62 
 
 		 483 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334351  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3728  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.62 
 
 		 483 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.38736 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  29.94 
 
 		 518 aa  196  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.89 
 
 		 514 aa  196  7e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 583 aa  195  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.06 
 
 		 503 aa  195  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2525  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.14 
 
 		 478 aa  195  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.539052 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1041  AMP-binding domain protein  27.67 
 
 		 549 aa  195  2e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  31.09 
 
 		 524 aa  195  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.3 
 
 		 530 aa  194  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2327  AMP-dependent synthetase and ligase  30.72 
 
 		 496 aa  194  3e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.940747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 510 aa  194  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  29.03 
 
 		 498 aa  193  6e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  28.45 
 
 		 516 aa  193  7e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 508 aa  192  8e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  31.69 
 
 		 515 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  30.7 
 
 		 518 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.98 
 
 		 483 aa  192  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188298  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 		 535 aa  192  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 		 506 aa  191  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3294  Acyl transferase  33.54 
 
 		 6768 aa  191  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 500 aa  191  2.9999999999999997e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  26.43 
 
 		 551 aa  190  4e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  29.75 
 
 		 503 aa  191  4e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  29.96 
 
 		 559 aa  190  4e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.6 
 
 		 491 aa  190  5e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.85 
 
 		 490 aa  189  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 501 aa  189  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  30.24 
 
 		 528 aa  189  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  29.96 
 
 		 491 aa  189  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0961293 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 		 502 aa  188  2e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2384  long chain acyl-CoA synthetase  29.92 
 
 		 522 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.838987  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 		 524 aa  188  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4133  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.57 
 
 		 490 aa  188  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.731956  normal  0.7945 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 		 569 aa  187  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 527 aa  187  4e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 513 aa  187  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.86 
 
 		 525 aa  187  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  29.03 
 
 		 512 aa  187  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0047  AMP-dependent synthetase and ligase  30.68 
 
 		 517 aa  187  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  30.63 
 
 		 587 aa  187  5e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 561 aa  186  6e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  30.63 
 
 		 527 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 		 511 aa  186  7e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  29.21 
 
 		 504 aa  186  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1135  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 517 aa  186  8e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.755647  hitchhiker  0.000174804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4908  AMP-dependent synthetase and ligase  30.14 
 
 		 512 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.96823  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0663  AMP-binding domain protein  26.45 
 
 		 547 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.390649  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.02 
 
 		 525 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5079  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.22 
 
 		 506 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.216799 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 		 564 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 		 519 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>