257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0633 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 		 323 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  75.54 
 
 		 323 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  75.54 
 
 		 323 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  68.27 
 
 		 323 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2621  cobalamin biosynthesis protein  52.45 
 
 		 323 aa  279  5e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246707  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  51.84 
 
 		 336 aa  279  6e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  51.59 
 
 		 317 aa  278  9e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3137  adenosylcobinamide-phosphate synthase  52 
 
 		 323 aa  265  5.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2121  cobalamin biosynthesis protein  49.84 
 
 		 326 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  hitchhiker  0.00319539 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.48 
 
 		 337 aa  259  4e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2363  cobalamin biosynthesis protein  50.16 
 
 		 326 aa  258  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.0402118 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.2 
 
 		 311 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3779  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.98 
 
 		 323 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.975904  normal  0.744686 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  48.61 
 
 		 316 aa  255  7e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4724  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.28 
 
 		 333 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0822126  normal  0.571798 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  51.2 
 
 		 311 aa  253  3e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.83 
 
 		 311 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.66 
 
 		 330 aa  250  3e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  51.64 
 
 		 319 aa  249  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5191  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.64 
 
 		 333 aa  248  9e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1891  cobalamin biosynthesis protein  51.65 
 
 		 327 aa  245  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  52.63 
 
 		 331 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  49.32 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  52.63 
 
 		 331 aa  242  6e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5263  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.65 
 
 		 333 aa  238  8e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.758113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1475  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.13 
 
 		 331 aa  238  9e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311979  hitchhiker  0.000015122 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5724  cobalamin biosynthesis protein CobD  53.95 
 
 		 330 aa  238  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571029 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1351  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.13 
 
 		 328 aa  235  7e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  51.38 
 
 		 303 aa  229  7e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.35 
 
 		 310 aa  229  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1854  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.84 
 
 		 329 aa  226  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2741  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.74 
 
 		 304 aa  213  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0957714 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  45.36 
 
 		 344 aa  206  6e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  45.36 
 
 		 344 aa  206  6e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  45.36 
 
 		 344 aa  206  6e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.88 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  39.35 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.47 
 
 		 369 aa  202  6e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  40.45 
 
 		 325 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2389  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.69 
 
 		 357 aa  200  3e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.56 
 
 		 325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.48 
 
 		 328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  41.67 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.53 
 
 		 318 aa  196  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.18 
 
 		 323 aa  196  6e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4869  cobalamin biosynthesis protein CobD  54.23 
 
 		 323 aa  195  7e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.30299 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  38.87 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.25 
 
 		 319 aa  193  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.35 
 
 		 319 aa  193  3e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.28 
 
 		 319 aa  193  3e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.31 
 
 		 320 aa  193  4e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.73 
 
 		 322 aa  192  4e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  44 
 
 		 295 aa  192  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.72 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.89 
 
 		 315 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  39.24 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  40.33 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.51 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.41 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  41.75 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  41.2 
 
 		 319 aa  186  3e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.05 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.16 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  39.55 
 
 		 321 aa  186  6e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.78 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.93 
 
 		 324 aa  185  8e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  40.64 
 
 		 333 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  33.01 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.17 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  37.93 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  33.33 
 
 		 315 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  42.39 
 
 		 317 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  51.02 
 
 		 366 aa  181  1e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.71 
 
 		 332 aa  180  4e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  40.67 
 
 		 340 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  43.59 
 
 		 320 aa  179  8e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  42.05 
 
 		 322 aa  178  9e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.54 
 
 		 320 aa  178  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.28 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  35.99 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  36.48 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  36.48 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.54 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  36.48 
 
 		 319 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.08 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.79 
 
 		 336 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  36.16 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.01 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.74 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.74 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.46 
 
 		 323 aa  169  6e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  39.55 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  40.77 
 
 		 332 aa  166  4e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.4 
 
 		 318 aa  165  9e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35.44 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3102  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.16 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0194792  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  39.8 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  39.04 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  39.46 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  39.12 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>