More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3489 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 340 aa  670    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.78 
 
 		 340 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  83.53 
 
 		 340 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.17 
 
 		 323 aa  383  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.86 
 
 		 324 aa  377  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.05 
 
 		 323 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.81 
 
 		 323 aa  362  4e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  54.75 
 
 		 323 aa  356  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.08 
 
 		 336 aa  348  6e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.14 
 
 		 323 aa  334  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.92 
 
 		 323 aa  333  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.98 
 
 		 333 aa  332  4e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.15 
 
 		 340 aa  331  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.49 
 
 		 322 aa  325  5e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.47 
 
 		 322 aa  315  8e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.53 
 
 		 338 aa  301  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  47.47 
 
 		 325 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.39 
 
 		 326 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.47 
 
 		 325 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.66 
 
 		 323 aa  285  9e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.3 
 
 		 326 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.08 
 
 		 325 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.42 
 
 		 325 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.34 
 
 		 327 aa  279  6e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.5 
 
 		 325 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.74 
 
 		 328 aa  277  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  47.56 
 
 		 329 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 		 328 aa  274  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.51 
 
 		 327 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  46.89 
 
 		 326 aa  271  9e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.1 
 
 		 328 aa  269  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 		 322 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0636999  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  47.54 
 
 		 326 aa  268  7e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.93 
 
 		 329 aa  266  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.487916  normal  0.350225 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.12 
 
 		 326 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.93 
 
 		 329 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.637959  normal  0.0297418 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0785  peptide ABC transporter, permease protein  43.79 
 
 		 332 aa  260  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.334762  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0736  peptide ABC transporter, permease protein  43.51 
 
 		 327 aa  260  3e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 		 333 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1978  putative ABC transporter  45.48 
 
 		 321 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.878457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4861  putative ABC transporter, permease protein  48.71 
 
 		 328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373975  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5137  putative peptide ABC transporter protein, permease protein  46.15 
 
 		 339 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0417349 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  43.73 
 
 		 328 aa  249  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.01 
 
 		 309 aa  249  6e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 		 333 aa  248  9e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3081  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.67 
 
 		 322 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957751  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 		 334 aa  245  9e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.39 
 
 		 306 aa  242  7e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 		 306 aa  241  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0394  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  39.23 
 
 		 320 aa  239  4e-62  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  40.37 
 
 		 336 aa  239  6.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.79 
 
 		 336 aa  238  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  40.18 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  42.57 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.76 
 
 		 337 aa  236  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 		 306 aa  235  7e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.79 
 
 		 336 aa  235  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 		 336 aa  235  8e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  39.88 
 
 		 339 aa  235  9e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  39.88 
 
 		 339 aa  235  9e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  39.94 
 
 		 336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  39.88 
 
 		 336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.94 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.97 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.03 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  40.18 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  40.49 
 
 		 351 aa  233  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 		 306 aa  231  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  39.68 
 
 		 336 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 		 312 aa  229  4e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  39.88 
 
 		 339 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 		 306 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  39.88 
 
 		 339 aa  229  4e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  39.37 
 
 		 336 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.29 
 
 		 306 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.98 
 
 		 313 aa  229  5e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 		 313 aa  229  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  39.37 
 
 		 336 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  40.4 
 
 		 306 aa  229  7e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  40.4 
 
 		 306 aa  229  7e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  39.37 
 
 		 336 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 		 334 aa  228  8e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.16 
 
 		 333 aa  228  8e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.07 
 
 		 306 aa  228  8e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  38.46 
 
 		 339 aa  228  1e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  40.68 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.33 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 		 334 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.68 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.33 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  39.26 
 
 		 339 aa  228  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>