245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0813 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0813  HhH-GPD  100 
 
 		 240 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0242454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0924  HhH-GPD  87.39 
 
 		 243 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5238  HhH-GPD family protein  86.85 
 
 		 239 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4886  HhH-GPD  82.95 
 
 		 220 aa  343  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1134  putative DNA-3-methyladenine glycosidase  76.17 
 
 		 217 aa  333  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0747  DNA-3-methyladenine glycosidase II  71.36 
 
 		 217 aa  323  2e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3487  HhH-GPD  73.02 
 
 		 217 aa  311  7.999999999999999e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1846  HhH-GPD family protein  47.57 
 
 		 229 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3841  HhH-GPD family protein  48.58 
 
 		 217 aa  175  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1646  base-excision DNA repair protein  43.78 
 
 		 232 aa  162  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1593  base-excision DNA repair protein  42.99 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.184582  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2525  HhH-GPD family protein  44.71 
 
 		 215 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.435858 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3124  HhH-GPD family protein  48.08 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4878  HhH-GPD family protein  47.83 
 
 		 227 aa  159  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.537085  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3025  HhH-GPD  44.12 
 
 		 214 aa  158  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.559258  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1271  HhH-GPD family protein  42.52 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3847  HhH-GPD family protein  42.18 
 
 		 214 aa  155  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.583366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3554  HhH-GPD family protein  41.71 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.624286  normal  0.658408 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4002  DNA-3-methyladenine glycosidase II  39.9 
 
 		 217 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0844  HhH-GPD  44.22 
 
 		 205 aa  132  5e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.141037 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0495  HhH-GPD family protein  36.99 
 
 		 231 aa  132  5e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.65814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1385  HhH-GPD family protein  43.22 
 
 		 209 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0499849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1157  HhH-GPD  40 
 
 		 210 aa  125  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.018776 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2427  HhH-GPD family protein  40.98 
 
 		 368 aa  122  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.610261  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2727  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  42.71 
 
 		 209 aa  122  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0884865  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1964  HhH-GPD  39.34 
 
 		 225 aa  122  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0340706  normal  0.441447 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1689  DNA-glycosylase family protein  37.5 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053666  normal  0.0261669 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  41.11 
 
 		 205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2665  HhH-GPD family protein  32.65 
 
 		 201 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1445  HhH-GPD  34.26 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0863627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1477  HhH-GPD family protein  30.65 
 
 		 199 aa  109  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  34 
 
 		 202 aa  109  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2076  HhH-GPD family protein  39.23 
 
 		 209 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.180031  normal  0.218221 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.84 
 
 		 199 aa  98.2  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3945  HhH-GPD family protein  44.13 
 
 		 207 aa  92  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0925  HhH-GPD family protein  33.86 
 
 		 196 aa  91.7  9e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1655  DNA-3-methyladenine glycosylase  30.37 
 
 		 221 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00300264  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1942  DNA-3-methyladenine glycosylase  30.53 
 
 		 312 aa  85.9  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2158  DNA-3-methyladenine glycosylase  30.53 
 
 		 312 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3157  DNA-3-methyladenine glycosylase  30.53 
 
 		 295 aa  85.9  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405929  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2544  base excision DNA repair protein  30.53 
 
 		 312 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2595  base excision DNA repair protein  30.53 
 
 		 312 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0401886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1431  base excision DNA repair protein  30.53 
 
 		 312 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433378  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2680  base excision DNA repair protein  30.53 
 
 		 312 aa  85.5  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.126721  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0427  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.73 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3495  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.36 
 
 		 220 aa  85.1  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.482188 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  31.5 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1123  HhH-GPD  30.89 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754505  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2112  HhH-GPD family protein  30.89 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1204  HhH-GPD family protein  30.53 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3118  HhH-GPD family protein  34.97 
 
 		 209 aa  82.8  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2096  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.37 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6000  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.37 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2077  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.37 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2509  HhH-GPD family protein  30.35 
 
 		 349 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00962302  hitchhiker  0.00345677 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5383  3-methyladenine DNA glycosylase/8- oxoguaninedna glycosylase  30.37 
 
 		 275 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3790  DNA-3-methyladenine glycosidase  27.59 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1627  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  30.35 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3487  DNA-3-methyladenine glycosidase  27.59 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.604427  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.18 
 
 		 163 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1982  HhH-GPD family protein  30.37 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963922  normal  0.532764 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0291  HhH-GPD family protein  28.8 
 
 		 190 aa  79.7  0.00000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.0000526477  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  32.79 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  34.94 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0381  HhH-GPD family protein  36.5 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0471539  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1103  HhH-GPD family protein  31.41 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.622773  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2070  HhH-GPD family protein  29.57 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  29.41 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3842  DNA-3-methyladenine glycosidase  28.7 
 
 		 303 aa  78.6  0.00000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  28.5 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  29.32 
 
 		 261 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1307  DNA-3-methyladenine glycosylase II  40.83 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1457  DNA-3-methyladenine glycosidase  27.44 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000180203 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2321  HhH-GPD family protein  32.98 
 
 		 219 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.903456  hitchhiker  0.0000733182 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3499  DNA-3-methyladenine glycosidase  27.16 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.596222  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0044  Ada metal-binding domain-containing protein  37.87 
 
 		 513 aa  77  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1009  HhH-GPD family protein  30.37 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12314  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  33.54 
 
 		 208 aa  76.3  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1624  HhH-GPD family protein  28.57 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  27.89 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3587  DNA-3-methyladenine glycosidase  27.16 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.655108  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3871  DNA-3-methyladenine glycosidase  27.16 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.85694  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3753  DNA-3-methyladenine glycosidase  27.16 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000204691 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2090  HhH-GPD family protein  28.57 
 
 		 219 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72517  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4937  HhH-GPD family protein  27.27 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3774  DNA-3-methyladenine glycosidase  27.44 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.727577  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3470  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 523 aa  73.9  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.884533  normal  0.876764 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1055  HhH-GPD family protein  32.56 
 
 		 202 aa  73.6  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2455  DNA-3-methyladenine glycosylase  29.38 
 
 		 217 aa  73.9  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1168  hypothetical protein  29.84 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414711  normal  0.721492 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1486  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.38 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.253605 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2335  HhH-GPD family protein  33.95 
 
 		 195 aa  72.8  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.695781  normal  0.75211 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1671  HhH-GPD family protein  29.69 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  30.2 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0855  HhH-GPD family protein  28.72 
 
 		 206 aa  72  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.908552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0738  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.73 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3357  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  34.08 
 
 		 486 aa  71.2  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  31.13 
 
 		 201 aa  71.2  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0702  DNA-3-methyladenine glycosylase II  29.81 
 
 		 251 aa  71.6  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3585  DNA-3-methyladenine glycosidase II  33.77 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>