More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1082 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  100 
 
 
567 aa  1158    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  91.01 
 
 
552 aa  980    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.76 
 
 
516 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.63 
 
 
632 aa  412  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  47.64 
 
 
533 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  48.72 
 
 
452 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.53 
 
 
449 aa  405  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.64 
 
 
453 aa  402  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.64 
 
 
634 aa  402  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.28 
 
 
627 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.28 
 
 
627 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  47.99 
 
 
608 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.98 
 
 
453 aa  394  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.48 
 
 
450 aa  390  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47 
 
 
456 aa  390  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.29 
 
 
441 aa  392  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.76 
 
 
505 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.41 
 
 
482 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.29 
 
 
556 aa  382  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.13 
 
 
512 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.13 
 
 
512 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.33 
 
 
516 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  47.33 
 
 
516 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  47.33 
 
 
529 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  47.33 
 
 
516 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  47.55 
 
 
514 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  47.41 
 
 
513 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  47.33 
 
 
516 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.69 
 
 
454 aa  378  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.81 
 
 
542 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  49.5 
 
 
435 aa  374  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  47.42 
 
 
516 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.26 
 
 
430 aa  370  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  46.13 
 
 
537 aa  372  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  48.02 
 
 
472 aa  368  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.11 
 
 
502 aa  358  1.9999999999999998e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  40.49 
 
 
495 aa  351  2e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.89 
 
 
550 aa  348  1e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  45.48 
 
 
516 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.48 
 
 
516 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.17 
 
 
526 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.92 
 
 
511 aa  346  6e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.19 
 
 
525 aa  345  2e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.2 
 
 
525 aa  345  2e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.24 
 
 
515 aa  342  1e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.67 
 
 
513 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.18 
 
 
626 aa  339  9e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.9 
 
 
628 aa  334  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  45.62 
 
 
445 aa  335  2e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.56 
 
 
630 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.58 
 
 
627 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.38 
 
 
626 aa  333  6e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  38.68 
 
 
527 aa  333  6e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.61 
 
 
413 aa  332  8e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.62 
 
 
451 aa  332  1e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.62 
 
 
451 aa  332  1e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  38.3 
 
 
543 aa  332  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.15 
 
 
549 aa  332  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.96 
 
 
482 aa  332  1e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.174751 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  45.67 
 
 
485 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  44.28 
 
 
540 aa  331  2e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  45.41 
 
 
484 aa  331  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.67 
 
 
482 aa  331  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.15 
 
 
549 aa  331  2e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0924  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.62 
 
 
403 aa  330  3e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.67 
 
 
480 aa  331  3e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.41 
 
 
486 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  45.41 
 
 
486 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.41 
 
 
486 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  45.67 
 
 
485 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  45.67 
 
 
485 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.7 
 
 
480 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  47.98 
 
 
589 aa  330  5.0000000000000004e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.67 
 
 
485 aa  330  6e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  45.67 
 
 
485 aa  330  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  45.38 
 
 
506 aa  330  6e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46 
 
 
456 aa  330  6e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2918  putative ATP-dependent RNA helicase  42.12 
 
 
516 aa  329  6e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.616126  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.87 
 
 
515 aa  330  6e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.03 
 
 
426 aa  329  8e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.37 
 
 
425 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.66 
 
 
441 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.12 
 
 
515 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.12 
 
 
515 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.64 
 
 
494 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.93 
 
 
463 aa  327  3e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.19 
 
 
694 aa  327  3e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  37.88 
 
 
622 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.31 
 
 
488 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0659  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.76 
 
 
500 aa  326  5e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0418  DEAD/DEAH box helicase-like  47.4 
 
 
579 aa  326  5e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.22 
 
 
629 aa  326  6e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.19 
 
 
418 aa  326  7e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.19 
 
 
418 aa  326  7e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.52 
 
 
578 aa  326  7e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  35.62 
 
 
629 aa  325  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  45.48 
 
 
590 aa  325  1e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.795312  normal  0.95213 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.45 
 
 
522 aa  325  1e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.28 
 
 
504 aa  325  1e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  39.75 
 
 
635 aa  324  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>