More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3127 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.984455  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.23 
 
 
253 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.534255 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.2 
 
 
254 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.8 
 
 
254 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.88 
 
 
254 aa  362  4e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.44826  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 
253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.476334 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2683  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
250 aa  265  7e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.138806  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.8 
 
 
250 aa  261  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.8 
 
 
250 aa  261  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.604698  normal  0.0177772 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60014  normal  0.0881916 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
248 aa  161  9e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
268 aa  160  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
255 aa  159  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
254 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.96 
 
 
246 aa  155  7e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  154  9e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
257 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
254 aa  154  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
258 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.14 
 
 
245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 
247 aa  150  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
265 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
252 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.743418 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.6 
 
 
246 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
248 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
274 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
253 aa  145  4.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 
257 aa  145  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  36.4 
 
 
261 aa  145  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.04 
 
 
245 aa  145  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
251 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
251 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
299 aa  144  9e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.48 
 
 
247 aa  144  9e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 
256 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
262 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.1 
 
 
245 aa  144  1e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.55 
 
 
249 aa  144  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
248 aa  144  1e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
256 aa  144  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
260 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
247 aa  143  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
257 aa  143  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 
264 aa  143  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  38.4 
 
 
258 aa  143  2e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
263 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
269 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
251 aa  143  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.677514  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
263 aa  143  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
262 aa  142  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
260 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
239 aa  143  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
257 aa  142  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
255 aa  142  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
263 aa  142  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
263 aa  142  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
244 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
253 aa  141  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
255 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
270 aa  141  9e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07750  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  36.95 
 
 
252 aa  140  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.370743 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
246 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
250 aa  140  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
256 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.92 
 
 
246 aa  140  3e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
263 aa  139  3e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.21 
 
 
258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
258 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
263 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0373  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.03 
 
 
243 aa  139  4.999999999999999e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.57 
 
 
245 aa  139  4.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
253 aa  139  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  37.55 
 
 
252 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
269 aa  139  6e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
249 aa  138  7e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  36.33 
 
 
250 aa  138  7e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
263 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.95 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
249 aa  138  8.999999999999999e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
257 aa  138  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
263 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
251 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.84 
 
 
247 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0408  glucose-1-dehydrogenase  35.43 
 
 
261 aa  137  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
266 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
263 aa  138  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>