More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4770 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4770  transport system permease protein  100 
 
 		 353 aa  666    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0282  transport system permease protein  59.28 
 
 		 371 aa  348  8e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.669954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3530  transport system permease protein  55.29 
 
 		 365 aa  345  5e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0575  transport system permease protein  55.98 
 
 		 357 aa  341  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3610  transport system permease protein  56.36 
 
 		 360 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.137689 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3036  transport system permease protein  57.4 
 
 		 360 aa  319  6e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1099  transport system permease protein  56.65 
 
 		 360 aa  314  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.122873  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0806  ABC transporter permease  56.76 
 
 		 359 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.129539  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0865  ABC transporter permease  56.47 
 
 		 359 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  52.74 
 
 		 356 aa  313  3.9999999999999997e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0834  ABC transporter permease  56.76 
 
 		 359 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0897  ABC transporter permease  56.47 
 
 		 359 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.660141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0920  ABC transporter permease  56.18 
 
 		 359 aa  312  5.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.421925 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4419  transport system permease protein  49.58 
 
 		 355 aa  311  7.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347706 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7104  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  60.06 
 
 		 360 aa  311  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1219  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  49.86 
 
 		 360 aa  308  6.999999999999999e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.11373  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1239  transport system permease protein  57.4 
 
 		 360 aa  306  3e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2756  transport system permease protein  57.69 
 
 		 360 aa  306  3e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00602737  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2697  transport system permease protein  51.14 
 
 		 352 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0794792  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3222  transport system permease protein  56.97 
 
 		 360 aa  305  7e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118278 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2250  transport system permease protein  49.11 
 
 		 356 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.235988 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2028  transport system permease protein  49.41 
 
 		 356 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2668  iron chelate ABC transporter permease  55.62 
 
 		 360 aa  301  8.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2750  transport system permease protein  55.62 
 
 		 360 aa  301  8.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1539  iron chelate ABC transporter permease  55.62 
 
 		 353 aa  301  9e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.337435 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1695  transport system permease protein  51.13 
 
 		 354 aa  301  9e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.347986  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3090  transport system permease protein  49.4 
 
 		 360 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2568  transport system permease protein  56.73 
 
 		 344 aa  282  5.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0538415  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0466  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  41.67 
 
 		 347 aa  277  2e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0798  transport system permease protein  55.92 
 
 		 343 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.180919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  40.88 
 
 		 352 aa  261  1e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7623  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  45.61 
 
 		 354 aa  250  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0026  transport system permease protein  44.79 
 
 		 331 aa  248  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2734  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  40.12 
 
 		 347 aa  248  1e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000167037  hitchhiker  0.000165993 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0744  transport system permease protein  42.33 
 
 		 345 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290337 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  42.69 
 
 		 350 aa  228  2e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  38.04 
 
 		 362 aa  224  1e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1709  transport system permease protein  39.53 
 
 		 319 aa  222  8e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  39.3 
 
 		 367 aa  222  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1620  transport system permease protein  39.49 
 
 		 350 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2719  transport system permease protein  42.06 
 
 		 352 aa  211  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000728456  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2634  iron chelate ABC transporter permease protein  41.81 
 
 		 352 aa  209  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000212766  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  37.09 
 
 		 373 aa  207  2e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  38.94 
 
 		 355 aa  207  2e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2330  transport system permease protein  38.61 
 
 		 370 aa  206  5e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.970298  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  35.07 
 
 		 354 aa  204  1e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  38.78 
 
 		 355 aa  202  5e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  33.43 
 
 		 348 aa  203  5e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  36.4 
 
 		 360 aa  202  6e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  36.99 
 
 		 359 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  33.14 
 
 		 348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  39.6 
 
 		 357 aa  200  3e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1041  transport system permease protein  43.06 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  40.12 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1623  iron(III) dicitrate transport system permease protein  39.71 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0877318  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  38.02 
 
 		 383 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1186  transport system permease protein  42.35 
 
 		 369 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  33.14 
 
 		 348 aa  196  5.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  40.2 
 
 		 347 aa  195  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  35.26 
 
 		 349 aa  194  3e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  36.67 
 
 		 356 aa  194  3e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0431  transport system permease protein  39.16 
 
 		 374 aa  193  4e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  38.44 
 
 		 357 aa  191  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  35.07 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  37.67 
 
 		 344 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  34.9 
 
 		 340 aa  189  7e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0344  transport system permease protein  36.91 
 
 		 363 aa  189  9e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  34.69 
 
 		 375 aa  186  7e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1217  transport system permease protein  41.28 
 
 		 362 aa  185  1.0000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00189959  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0274  transport system permease protein  35.43 
 
 		 358 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00246015  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  33.53 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  41.64 
 
 		 368 aa  181  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  31.59 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2398  hypothetical protein  36.24 
 
 		 361 aa  181  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.384157 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0290  transport system permease protein  32.4 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.602088  normal  0.107419 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0485  transport system permease protein  31.3 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.644371  hitchhiker  0.000336075 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  36.91 
 
 		 366 aa  178  1e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  43.15 
 
 		 352 aa  176  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2148  transport system permease protein  39.08 
 
 		 356 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.176717 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  39.46 
 
 		 343 aa  174  9.999999999999999e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  35.54 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  34.72 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.93 
 
 		 330 aa  173  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  38.72 
 
 		 358 aa  173  5e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  39.72 
 
 		 338 aa  173  5e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1048  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  35.13 
 
 		 336 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.522195  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  38.72 
 
 		 354 aa  172  9e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  31.18 
 
 		 356 aa  172  1e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  42.16 
 
 		 367 aa  170  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  37.79 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  37.1 
 
 		 340 aa  170  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0990  transport system permease protein  39.74 
 
 		 378 aa  170  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  33.9 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  31.58 
 
 		 343 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  35.96 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  38.57 
 
 		 350 aa  168  2e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3058  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  36.45 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1761  hemin transport system permease protein HmuU  34.55 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1822  transport system permease protein  38.83 
 
 		 350 aa  167  4e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  40.97 
 
 		 341 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>