More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2162 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
366 aa  741    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  81.52 
 
 
367 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.52 
 
 
367 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  80.43 
 
 
367 aa  596  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  80.76 
 
 
376 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  80.76 
 
 
376 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  77.32 
 
 
368 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  77.05 
 
 
368 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  79.83 
 
 
367 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  79.55 
 
 
367 aa  568  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  64.93 
 
 
373 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  62.54 
 
 
361 aa  441  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  62.64 
 
 
361 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  60.91 
 
 
366 aa  435  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  61.89 
 
 
352 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  61.14 
 
 
375 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  61.14 
 
 
375 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  60.77 
 
 
375 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  59.48 
 
 
389 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.99 
 
 
391 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  60 
 
 
376 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  56.7 
 
 
381 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  60.19 
 
 
376 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.81 
 
 
372 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.51 
 
 
375 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.79 
 
 
373 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.81 
 
 
377 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  55.49 
 
 
343 aa  332  8e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.65 
 
 
386 aa  311  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.94 
 
 
451 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.9 
 
 
445 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.75 
 
 
478 aa  280  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  51.59 
 
 
445 aa  280  4e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.83 
 
 
455 aa  276  6e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  43.94 
 
 
481 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.13 
 
 
478 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  48.15 
 
 
457 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.65 
 
 
480 aa  273  3e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.72 
 
 
447 aa  273  3e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.95 
 
 
480 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.86 
 
 
455 aa  271  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  52.9 
 
 
316 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  50.33 
 
 
316 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.69 
 
 
473 aa  270  4e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.09 
 
 
433 aa  269  5e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.96 
 
 
450 aa  269  5.9999999999999995e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.68 
 
 
483 aa  268  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.72 
 
 
451 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.68 
 
 
483 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.68 
 
 
483 aa  267  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.34 
 
 
459 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.93 
 
 
453 aa  266  4e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  53.03 
 
 
309 aa  266  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  45.94 
 
 
437 aa  266  5.999999999999999e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.5 
 
 
453 aa  265  7e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.72 
 
 
451 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.82 
 
 
436 aa  265  7e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.5 
 
 
480 aa  265  8e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.02 
 
 
463 aa  265  8.999999999999999e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  44.09 
 
 
466 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  45.94 
 
 
437 aa  264  2e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.31 
 
 
451 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  44 
 
 
446 aa  263  4e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  46.15 
 
 
459 aa  263  4e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.33 
 
 
495 aa  262  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0027  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  44.65 
 
 
455 aa  262  6e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0029  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.65 
 
 
455 aa  262  6e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.59486  normal  0.125276 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45 
 
 
469 aa  262  8e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.54 
 
 
456 aa  262  8e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.5 
 
 
470 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  51.85 
 
 
479 aa  261  1e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.13 
 
 
458 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  53.11 
 
 
473 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
486 aa  261  1e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  52.72 
 
 
342 aa  261  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  52.48 
 
 
471 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.17 
 
 
454 aa  260  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  51 
 
 
463 aa  260  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.89 
 
 
484 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.55 
 
 
459 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.06 
 
 
455 aa  259  3e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  50.2 
 
 
473 aa  259  4e-68  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.48 
 
 
458 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.4 
 
 
433 aa  259  7e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  52.7 
 
 
470 aa  258  8e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  48.87 
 
 
471 aa  258  9e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5122  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.27 
 
 
454 aa  258  9e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  51.24 
 
 
471 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47 
 
 
489 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.33 
 
 
459 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.25 
 
 
650 aa  258  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  52.3 
 
 
342 aa  258  1e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.3 
 
 
342 aa  258  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  48.87 
 
 
471 aa  257  2e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.54 
 
 
441 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.95 
 
 
480 aa  257  2e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.68 
 
 
456 aa  257  2e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.69 
 
 
469 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  52.24 
 
 
445 aa  257  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.05 
 
 
469 aa  257  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>