More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1429 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1429  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3859  LysR family transcriptional regulator  95.19 
 
 		 312 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499644 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1853  LysR family transcriptional regulator  94.87 
 
 		 312 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0383468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1464  LysR family transcriptional regulator  92.56 
 
 		 325 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1754  LysR family transcriptional regulator  75.88 
 
 		 328 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  64.61 
 
 		 311 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  63.84 
 
 		 310 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4436  LysR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 305 aa  349  3e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1510  LysR family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 312 aa  334  9e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451093  normal  0.28121 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  53.92 
 
 		 307 aa  328  9e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  54.43 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2930  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 309 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.63 
 
 		 307 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  51.32 
 
 		 309 aa  309  4e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 308 aa  287  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 297 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 314 aa  169  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 319 aa  169  6e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.02 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 321 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.36 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5802  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  162  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 297 aa  162  9e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5066  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291199 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  30.07 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  38.57 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4501  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3868  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.909527  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1349  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 320 aa  160  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.352605 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2389  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  160  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.110916  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 555 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 323 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 299 aa  159  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  31.54 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0250  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.172775  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1150  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0910  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108281  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1590  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.274379  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1962  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1981  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0984165  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>