More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3613 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  80.19 
 
 		 418 aa  680    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  81.04 
 
 		 422 aa  691    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  77.8 
 
 		 425 aa  659    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  80 
 
 		 415 aa  680    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  81.95 
 
 		 415 aa  697    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  100 
 
 		 416 aa  845    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  81.95 
 
 		 415 aa  698    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  74.82 
 
 		 416 aa  632  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  75.96 
 
 		 420 aa  626  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  70.63 
 
 		 418 aa  598  1e-170  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  66.83 
 
 		 411 aa  507  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  60.39 
 
 		 413 aa  489  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  58.99 
 
 		 416 aa  487  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  60.19 
 
 		 409 aa  481  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  58.85 
 
 		 413 aa  468  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  58.78 
 
 		 440 aa  458  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  56.83 
 
 		 420 aa  457  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  56.66 
 
 		 404 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  58.75 
 
 		 405 aa  436  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  55.1 
 
 		 407 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  55.93 
 
 		 404 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  55.69 
 
 		 410 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  57.69 
 
 		 406 aa  425  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  55.34 
 
 		 405 aa  424  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  54.77 
 
 		 410 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  54.11 
 
 		 400 aa  412  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  53.16 
 
 		 410 aa  412  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  51.72 
 
 		 408 aa  412  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  48.78 
 
 		 416 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  51.33 
 
 		 409 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  49.38 
 
 		 425 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  49.14 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  44.53 
 
 		 400 aa  339  5.9999999999999996e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  44.15 
 
 		 397 aa  299  5e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.84 
 
 		 421 aa  266  7e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  41.16 
 
 		 407 aa  263  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.86 
 
 		 421 aa  262  6.999999999999999e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.1 
 
 		 421 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  40.25 
 
 		 406 aa  260  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  41.8 
 
 		 406 aa  259  6e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.86 
 
 		 421 aa  257  3e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.61 
 
 		 421 aa  256  4e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.77 
 
 		 418 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.61 
 
 		 421 aa  252  8.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  34.04 
 
 		 429 aa  230  3e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  34.74 
 
 		 429 aa  230  3e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  35.6 
 
 		 429 aa  224  3e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  32.66 
 
 		 428 aa  176  6e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  29.69 
 
 		 429 aa  160  4e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  32.64 
 
 		 434 aa  156  7e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  30.97 
 
 		 432 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  34.37 
 
 		 438 aa  155  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  29.08 
 
 		 428 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  33.55 
 
 		 433 aa  152  1e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  30.81 
 
 		 434 aa  151  2e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  30.07 
 
 		 430 aa  151  2e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  31.49 
 
 		 444 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  28.88 
 
 		 423 aa  147  5e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  29.54 
 
 		 430 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  29.72 
 
 		 434 aa  146  8.000000000000001e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  29.93 
 
 		 432 aa  146  9e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  31.17 
 
 		 433 aa  145  1e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  30.1 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1321  Phenylacetate--CoA ligase  28.98 
 
 		 449 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.710343  normal  0.230718 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  29.66 
 
 		 429 aa  144  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  31.57 
 
 		 434 aa  143  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  31.23 
 
 		 444 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2872  phenylacetate-CoA ligase  28.33 
 
 		 433 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0742777  normal  0.0504153 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  30.58 
 
 		 439 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  29.85 
 
 		 436 aa  141  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  30.48 
 
 		 444 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  29.41 
 
 		 440 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  29.41 
 
 		 440 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  29.41 
 
 		 440 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  32.4 
 
 		 433 aa  139  7e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1456  phenylacetate-CoA ligase  26.94 
 
 		 433 aa  139  7e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.386345 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2322  Phenylacetate--CoA ligase  29.82 
 
 		 449 aa  139  7.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  29.18 
 
 		 440 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  30.14 
 
 		 448 aa  139  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  29.18 
 
 		 440 aa  139  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1153  Phenylacetate--CoA ligase  30.23 
 
 		 434 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  30.71 
 
 		 440 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  29.1 
 
 		 432 aa  136  9e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  28.97 
 
 		 435 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  31.22 
 
 		 446 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  29.31 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  31.23 
 
 		 434 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  31.53 
 
 		 436 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2123  Phenylacetate--CoA ligase  30.35 
 
 		 433 aa  134  3e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27480  phenylacetate-CoA ligase  29.21 
 
 		 412 aa  134  3.9999999999999996e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0939  Phenylacetate--CoA ligase  29.44 
 
 		 432 aa  133  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0041  phenylacetate--CoA ligase  31.41 
 
 		 446 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  27.14 
 
 		 439 aa  133  7.999999999999999e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  28.71 
 
 		 440 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  27.42 
 
 		 439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1029  Phenylacetate--CoA ligase  31.71 
 
 		 429 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.146216  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  28.57 
 
 		 436 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  28.97 
 
 		 436 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  30.17 
 
 		 441 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0339  phenylacetate-CoA ligase  28.46 
 
 		 433 aa  130  3e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>