More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2876 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  620  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  82.51 
 
 		 323 aa  497  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  71.71 
 
 		 322 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2531  transcriptional regulator, LysR family  67.22 
 
 		 312 aa  363  3e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3010  LysR family transcriptional regulator  61.87 
 
 		 309 aa  352  4e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 310 aa  308  9e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 308 aa  295  7e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 304 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 328 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 328 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 		 304 aa  265  7e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  51.13 
 
 		 317 aa  259  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 328 aa  259  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 321 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  51.82 
 
 		 331 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  51.12 
 
 		 329 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 		 304 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  51.13 
 
 		 337 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  52.35 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  52.35 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  52.35 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  53.22 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  51.63 
 
 		 331 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  51.14 
 
 		 314 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  51.64 
 
 		 311 aa  239  4e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  50.81 
 
 		 314 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 292 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  45.97 
 
 		 337 aa  202  7e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 296 aa  199  6e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  37.41 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  37.41 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  37.41 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  37.41 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  37.41 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 323 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  189  7e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 297 aa  187  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  42.38 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  37.67 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  40.3 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40910  LysR family transcriptional regulatory protein  45.38 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  42.86 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  41.22 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  41.44 
 
 		 306 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  41.44 
 
 		 306 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.67 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.08 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 293 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2740  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 297 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  38.03 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3471  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>