More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0798 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0798  transport system permease protein  100 
 
 		 343 aa  637    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.180919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3530  transport system permease protein  65.88 
 
 		 365 aa  415  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0282  transport system permease protein  53.85 
 
 		 371 aa  328  7e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.669954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1695  transport system permease protein  53.53 
 
 		 354 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.347986  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0575  transport system permease protein  50.9 
 
 		 357 aa  308  8e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3610  transport system permease protein  54.49 
 
 		 360 aa  308  8e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.137689 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2697  transport system permease protein  53.43 
 
 		 352 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0794792  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0897  ABC transporter permease  53.55 
 
 		 359 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.660141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0806  ABC transporter permease  53.25 
 
 		 359 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.129539  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0920  ABC transporter permease  53.55 
 
 		 359 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.421925 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0865  ABC transporter permease  53.25 
 
 		 359 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0834  ABC transporter permease  53.25 
 
 		 359 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2250  transport system permease protein  48.68 
 
 		 356 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.235988 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2028  transport system permease protein  49.85 
 
 		 356 aa  295  8e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1099  transport system permease protein  52.98 
 
 		 360 aa  291  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.122873  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3036  transport system permease protein  51.5 
 
 		 360 aa  290  3e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  48.62 
 
 		 356 aa  286  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7104  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  54.4 
 
 		 360 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1239  transport system permease protein  50.89 
 
 		 360 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2756  transport system permease protein  52.07 
 
 		 360 aa  280  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00602737  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4419  transport system permease protein  46.9 
 
 		 355 aa  278  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347706 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0466  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  41.89 
 
 		 347 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3222  transport system permease protein  52.11 
 
 		 360 aa  273  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118278 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1539  iron chelate ABC transporter permease  50.9 
 
 		 353 aa  271  9e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.337435 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3090  transport system permease protein  47.65 
 
 		 360 aa  271  9e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2668  iron chelate ABC transporter permease  50.9 
 
 		 360 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2750  transport system permease protein  50.9 
 
 		 360 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1219  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  46.61 
 
 		 360 aa  269  7e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.11373  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 		 352 aa  260  2e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4770  transport system permease protein  56.27 
 
 		 353 aa  255  7e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2568  transport system permease protein  53.38 
 
 		 344 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0538415  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0744  transport system permease protein  45.97 
 
 		 345 aa  253  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290337 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1620  transport system permease protein  44.74 
 
 		 350 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7623  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  46.49 
 
 		 354 aa  251  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0026  transport system permease protein  40.66 
 
 		 331 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2734  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  39.76 
 
 		 347 aa  235  7e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000167037  hitchhiker  0.000165993 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2719  transport system permease protein  47.43 
 
 		 352 aa  233  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000728456  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2634  iron chelate ABC transporter permease protein  47.43 
 
 		 352 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000212766  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1709  transport system permease protein  40.28 
 
 		 319 aa  212  7e-54  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  37.88 
 
 		 367 aa  211  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  40.14 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  37.25 
 
 		 355 aa  205  1e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1623  iron(III) dicitrate transport system permease protein  40.63 
 
 		 356 aa  200  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0877318  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  37.43 
 
 		 357 aa  199  7.999999999999999e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  38.64 
 
 		 383 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  35.55 
 
 		 354 aa  197  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  38.84 
 
 		 350 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  35.37 
 
 		 340 aa  195  9e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  37.93 
 
 		 355 aa  195  9e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  42.9 
 
 		 363 aa  195  1e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1186  transport system permease protein  37.94 
 
 		 369 aa  194  1e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  35.46 
 
 		 360 aa  194  2e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1041  transport system permease protein  39.51 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  36.39 
 
 		 344 aa  185  8e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  36.39 
 
 		 344 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0431  transport system permease protein  33.55 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  41.67 
 
 		 347 aa  182  7e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1217  transport system permease protein  38.75 
 
 		 362 aa  181  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00189959  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  34 
 
 		 359 aa  182  1e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  37.94 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  37.29 
 
 		 349 aa  177  2e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  33.71 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  38.05 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  35.88 
 
 		 375 aa  176  5e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  32.28 
 
 		 373 aa  176  7e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2330  transport system permease protein  36.79 
 
 		 370 aa  176  8e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.970298  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2398  hypothetical protein  35.26 
 
 		 361 aa  175  8e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.384157 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  35 
 
 		 348 aa  176  8e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1652  transport system permease protein  42.18 
 
 		 357 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  37.06 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  33.05 
 
 		 348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  38.4 
 
 		 371 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  36.07 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0274  transport system permease protein  36.58 
 
 		 358 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00246015  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0290  transport system permease protein  34.02 
 
 		 361 aa  172  1e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.602088  normal  0.107419 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0220  transport system permease protein  39.52 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0344  transport system permease protein  37.15 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  42.35 
 
 		 358 aa  169  9e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  41.1 
 
 		 354 aa  169  9e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  39.17 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  40.47 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1822  transport system permease protein  37.46 
 
 		 350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  36.6 
 
 		 373 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0990  transport system permease protein  39.4 
 
 		 378 aa  166  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  40.18 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  40.94 
 
 		 338 aa  165  9e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2148  transport system permease protein  39.89 
 
 		 356 aa  165  9e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.176717 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  40.64 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  36.34 
 
 		 370 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0534  transport system permease protein  31.74 
 
 		 334 aa  163  5.0000000000000005e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  39.94 
 
 		 336 aa  162  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  33.91 
 
 		 351 aa  162  7e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0162  transport system permease protein  34.48 
 
 		 359 aa  162  8.000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  40.27 
 
 		 340 aa  162  9e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  39.93 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1048  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  34.38 
 
 		 336 aa  160  2e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.522195  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  33.53 
 
 		 368 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  36.55 
 
 		 345 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  32.21 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0815  transport system permease protein  35.07 
 
 		 346 aa  159  6e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>