More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3965 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
251 aa  493  9.999999999999999e-139  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.96 
 
 
249 aa  288  6e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.96 
 
 
248 aa  280  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
249 aa  279  3e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
251 aa  275  4e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
250 aa  275  5e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.35 
 
 
248 aa  271  7e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.35 
 
 
248 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  58.96 
 
 
248 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.78 
 
 
248 aa  268  5e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
271 aa  267  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.57 
 
 
248 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.57 
 
 
248 aa  265  7e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
248 aa  264  8e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
248 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
248 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
255 aa  263  2e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
262 aa  263  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.78 
 
 
249 aa  259  2e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.16 
 
 
249 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
248 aa  254  7e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
248 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.17 
 
 
248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
248 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  51.2 
 
 
246 aa  252  4.0000000000000004e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.98 
 
 
274 aa  250  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21341 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
248 aa  250  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.18 
 
 
248 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
249 aa  248  6e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.78 
 
 
249 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
250 aa  240  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
249 aa  225  6e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4242  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  56.22 
 
 
250 aa  223  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.214717 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
249 aa  220  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
250 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  0.145853 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3542  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
249 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0247071  normal  0.033589 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
246 aa  201  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
246 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 
247 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
247 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.59 
 
 
250 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
247 aa  192  5e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
247 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
261 aa  190  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.898845  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2692  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
246 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  43.15 
 
 
255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
246 aa  188  5.999999999999999e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
260 aa  188  5.999999999999999e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
246 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06560  short chain dehydrogenase  45.16 
 
 
245 aa  182  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.87 
 
 
269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  43.37 
 
 
247 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
245 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
254 aa  181  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
254 aa  181  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
287 aa  181  7e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426721  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
246 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
245 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3448  short chain dehydrogenase  40 
 
 
246 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
243 aa  177  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.151121  normal  0.0260274 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
245 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
245 aa  176  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455308  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
247 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
247 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
246 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.384242  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
246 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.35 
 
 
254 aa  176  4e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0785  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44 
 
 
246 aa  175  5e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.37 
 
 
247 aa  175  5e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
254 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
254 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0504887  normal  0.311319 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
244 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.94 
 
 
247 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.2 
 
 
247 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.34 
 
 
246 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.08 
 
 
246 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
247 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.681241  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
265 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
248 aa  169  3e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.53 
 
 
246 aa  169  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.53 
 
 
246 aa  169  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.53 
 
 
246 aa  169  4e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.3 
 
 
247 aa  169  4e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.53 
 
 
246 aa  169  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.53 
 
 
246 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
253 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.53 
 
 
246 aa  169  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
248 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.574158  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  38.46 
 
 
269 aa  168  7e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.13 
 
 
246 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
245 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.821225  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
253 aa  167  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
242 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000101099  normal  0.101895 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
245 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
245 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314744  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
258 aa  167  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>