More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3424 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  593  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  59.32 
 
 		 295 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 296 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 296 aa  346  3e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  44.92 
 
 		 293 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.27 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 294 aa  211  9e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 292 aa  211  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 300 aa  209  6e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 319 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 304 aa  206  5e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 295 aa  205  8e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  42.12 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.95 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.95 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.95 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  40.56 
 
 		 290 aa  202  8e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.95 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.95 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  41.07 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 297 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.34 
 
 		 296 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2826  DNA-binding transcriptional activator XapR  36.36 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3524  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76062  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 295 aa  189  2.9999999999999997e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  40.27 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  40.27 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2913  DNA-binding transcriptional activator XapR  35.66 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.5 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.5 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.5 
 
 		 294 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  185  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.5 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 323 aa  185  8e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.15 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  39.59 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 295 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3345  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 286 aa  178  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 300 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>