More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2359 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2359  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 		 202 aa  410  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.194299 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09800  3-isopropylmalate dehydratase small subunit LeuD2  69.15 
 
 		 202 aa  297  8e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1295  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  59.9 
 
 		 204 aa  246  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0364  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  58.21 
 
 		 208 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.386079  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0371  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.71 
 
 		 208 aa  235  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0422  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.71 
 
 		 208 aa  235  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414914 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0362  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.71 
 
 		 208 aa  233  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.485834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3062  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  59.2 
 
 		 203 aa  229  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.58769  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3458  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  59.2 
 
 		 205 aa  227  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.25 
 
 		 201 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  47.5 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0201  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.5 
 
 		 217 aa  201  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.469844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  48 
 
 		 200 aa  198  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  50.25 
 
 		 201 aa  197  9e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  48.26 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  49.75 
 
 		 201 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1190  isopropylmalate isomerase small subunit  48.26 
 
 		 207 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  48 
 
 		 200 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  47 
 
 		 200 aa  194  7e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 		 202 aa  194  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0340  isopropylmalate isomerase small subunit  49.25 
 
 		 201 aa  194  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0963  isopropylmalate isomerase small subunit  46.5 
 
 		 200 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  45.77 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0296  isopropylmalate isomerase small subunit  49.25 
 
 		 201 aa  194  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447651 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 		 201 aa  192  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 		 201 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 		 218 aa  192  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  47.76 
 
 		 201 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  47.76 
 
 		 201 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.77 
 
 		 201 aa  192  4e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  44 
 
 		 211 aa  191  9e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.97 
 
 		 215 aa  190  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.19 
 
 		 212 aa  190  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.77 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  45 
 
 		 201 aa  189  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6957  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.77 
 
 		 212 aa  189  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.507189  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  44.78 
 
 		 201 aa  189  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  45 
 
 		 201 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 		 201 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 		 212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 		 202 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  45 
 
 		 201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  46 
 
 		 201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  45.77 
 
 		 201 aa  187  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 		 212 aa  187  8e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  44.55 
 
 		 216 aa  187  9e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 		 216 aa  187  9e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  44 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3069  isopropylmalate isomerase small subunit  45.93 
 
 		 212 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  43.6 
 
 		 215 aa  182  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0673  isopropylmalate isomerase small subunit  44.55 
 
 		 216 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000646407  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.76 
 
 		 215 aa  182  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  45.02 
 
 		 216 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  45.71 
 
 		 214 aa  182  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2888  isopropylmalate isomerase small subunit  45.75 
 
 		 217 aa  181  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0159  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 		 201 aa  181  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 212 aa  181  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  44.08 
 
 		 216 aa  181  8.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6848  isopropylmalate isomerase small subunit  45.28 
 
 		 217 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0246289  normal  0.577423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 212 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1727  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0776  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0211151  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  44.76 
 
 		 216 aa  180  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1642  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.865269  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0522  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503105  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1851  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30576  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  44.76 
 
 		 216 aa  180  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2314  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2452  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.250936  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 		 212 aa  179  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1013  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  44.34 
 
 		 216 aa  179  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.33 
 
 		 216 aa  179  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 		 216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  45.75 
 
 		 216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  45.75 
 
 		 216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 		 214 aa  178  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2731  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.81 
 
 		 212 aa  178  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.413417  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  43.6 
 
 		 216 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  42.86 
 
 		 214 aa  177  8e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0215  isopropylmalate isomerase small subunit  43.78 
 
 		 202 aa  177  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.20437 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 214 aa  177  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.13 
 
 		 240 aa  177  8e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  44.08 
 
 		 216 aa  177  8e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  177  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  177  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  177  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 		 215 aa  177  9e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4274  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 212 aa  177  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.15 
 
 		 207 aa  177  9e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  44.76 
 
 		 212 aa  177  1e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  43.13 
 
 		 215 aa  177  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  44.34 
 
 		 217 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  44.28 
 
 		 722 aa  177  1e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  43.6 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  42.86 
 
 		 215 aa  176  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  43.4 
 
 		 217 aa  176  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>