More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4367 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  603  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  43.02 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  199  7e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 296 aa  195  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 294 aa  195  9e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 319 aa  192  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.71 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  32.28 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  32.28 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  32.28 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  32.28 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  32.28 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.85 
 
 		 290 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.84 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.84 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 295 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  159  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  34.49 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  34.49 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  34.49 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  34.49 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  34.49 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 298 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 293 aa  149  7e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.96 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  31.16 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 294 aa  142  9e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>