More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3057 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3057  inner-membrane translocator  100 
 
 		 292 aa  556  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.299271  normal  0.394011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 290 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  30.69 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 290 aa  146  5e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.97 
 
 		 293 aa  146  5e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.64 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.11 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0483  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.18 
 
 		 603 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 603 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 603 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 603 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 603 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  30.87 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  28.33 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.99 
 
 		 291 aa  139  7.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4485  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.19585  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0096  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.59 
 
 		 607 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.26664 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  30 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.19 
 
 		 287 aa  135  9e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.19 
 
 		 287 aa  135  9e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5342  inner-membrane translocator  29.58 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0863974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 551 aa  132  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4423  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.240774  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 291 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  26.8 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2166  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  29.25 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  30.84 
 
 		 335 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  33.45 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.51 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 289 aa  129  8.000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.97 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33 
 
 		 296 aa  129  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2918  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1387  inner-membrane translocator  29.9 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  30.66 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  30.14 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  29.21 
 
 		 547 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  30.1 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5695  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00418313 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4378  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.324471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  29.47 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2270  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  32.32 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 288 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4763  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.496454 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2331  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.729625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  29.7 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0065  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  29.67 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  29.04 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  28.19 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 285 aa  123  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.33 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  30.82 
 
 		 286 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.33 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  30.2 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  30.27 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  31.53 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 294 aa  122  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  29.58 
 
 		 652 aa  122  8e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  29.68 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  30.23 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1940  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 291 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.95 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  29 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.39 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.31 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  29.51 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.39 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0644  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0612  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3304  inner-membrane translocator  30.53 
 
 		 289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  30 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  30 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  30 
 
 		 523 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4249  inner-membrane translocator  29.76 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00770361  hitchhiker  0.0000029415 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1066  inner-membrane translocator  28.76 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00641991  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.61 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>