More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1341 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1341  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 500 aa  995    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3809  extracellular solute-binding protein family 5  50.62 
 
 		 521 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2069  extracellular solute-binding protein family 5  49.11 
 
 		 518 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2388  extracellular solute-binding protein  45.04 
 
 		 522 aa  404  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51940  extracellular solute-binding protein  45.44 
 
 		 510 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000130332  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2017  extracellular solute-binding protein  42.04 
 
 		 523 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0245155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0145  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.79 
 
 		 521 aa  351  1e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  30.91 
 
 		 512 aa  265  1e-69  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  30.84 
 
 		 516 aa  246  9.999999999999999e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.57 
 
 		 524 aa  193  6e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  29.2 
 
 		 519 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.97 
 
 		 545 aa  187  3e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.73 
 
 		 525 aa  168  2e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2405  extracellular solute-binding protein family 5  29.03 
 
 		 518 aa  168  2e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3391  hypothetical protein  57.14 
 
 		 180 aa  163  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00597312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.52 
 
 		 520 aa  158  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0218  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 537 aa  158  3e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.219975  normal  0.837771 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  27.63 
 
 		 522 aa  156  1e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  26.81 
 
 		 527 aa  155  2e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 		 522 aa  151  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0028  extracellular solute-binding protein family 5  32.12 
 
 		 520 aa  145  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0183012 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 524 aa  139  1e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.58 
 
 		 532 aa  138  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.58 
 
 		 532 aa  138  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0370  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 497 aa  137  6.0000000000000005e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.735975  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 518 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  26.79 
 
 		 532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5080  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 		 502 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0526207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  25.7 
 
 		 517 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.3 
 
 		 513 aa  131  3e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  29.53 
 
 		 508 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2223  extracellular solute-binding protein family 5  31.19 
 
 		 502 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1425  extracellular solute-binding protein family 5  29.65 
 
 		 503 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4744  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  28.64 
 
 		 524 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  28.28 
 
 		 509 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.26 
 
 		 556 aa  128  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 		 508 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04510  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.14 
 
 		 551 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.23612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.72 
 
 		 510 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  25.8 
 
 		 535 aa  127  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  25.8 
 
 		 535 aa  127  5e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.8 
 
 		 535 aa  127  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  29.25 
 
 		 519 aa  127  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.96 
 
 		 535 aa  127  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1044  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 		 496 aa  127  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0364384  normal  0.362635 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.8 
 
 		 535 aa  127  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  25.8 
 
 		 535 aa  127  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  25.8 
 
 		 535 aa  127  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.96 
 
 		 535 aa  127  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.51 
 
 		 523 aa  127  6e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 		 595 aa  126  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  30.98 
 
 		 516 aa  126  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  28.64 
 
 		 524 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.41 
 
 		 524 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  27.67 
 
 		 526 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.67 
 
 		 526 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 528 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.41 
 
 		 524 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  28.41 
 
 		 524 aa  126  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  28.41 
 
 		 524 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  28.64 
 
 		 524 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 		 509 aa  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0844  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 		 531 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.61 
 
 		 519 aa  124  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2648  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 		 524 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 539 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  28.18 
 
 		 524 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.43 
 
 		 520 aa  124  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  28.18 
 
 		 524 aa  123  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3431  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 531 aa  123  9e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000878954 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1825  extracellular solute-binding protein family 5  28.85 
 
 		 502 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.778707  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 		 505 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  28.42 
 
 		 531 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0244  extracellular solute-binding protein family 5  25.34 
 
 		 575 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.794885  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 		 538 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  24.78 
 
 		 532 aa  122  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  28.66 
 
 		 523 aa  121  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  27.63 
 
 		 533 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.35 
 
 		 524 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  26.48 
 
 		 526 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25.37 
 
 		 546 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2595  putative extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 		 507 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00975919 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1994  ABC transporter, substrate-binding protein  23.48 
 
 		 491 aa  119  9e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1571  4-phytase  27 
 
 		 510 aa  119  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  27.56 
 
 		 495 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.48 
 
 		 541 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 		 528 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  28.5 
 
 		 631 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  26.82 
 
 		 512 aa  118  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  26.82 
 
 		 512 aa  118  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  26.82 
 
 		 512 aa  118  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 		 530 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  25.12 
 
 		 539 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 525 aa  117  3.9999999999999997e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  26.57 
 
 		 512 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  27.99 
 
 		 502 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 506 aa  117  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 		 575 aa  116  7.999999999999999e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  26.32 
 
 		 512 aa  116  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 532 aa  116  8.999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>