More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3271 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3271  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 		 208 aa  432  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03088  isopropylmalate isomerase small subunit  73.47 
 
 		 201 aa  315  3e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  62.44 
 
 		 200 aa  254  5e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  60.82 
 
 		 201 aa  247  8e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.82 
 
 		 201 aa  247  8e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  60.82 
 
 		 201 aa  247  8e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  60.82 
 
 		 201 aa  247  8e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  60.82 
 
 		 201 aa  247  8e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  60.82 
 
 		 201 aa  247  8e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  60.31 
 
 		 201 aa  247  9e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  60.82 
 
 		 201 aa  246  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  60.91 
 
 		 200 aa  247  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  60.31 
 
 		 201 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  60.31 
 
 		 201 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  59.79 
 
 		 201 aa  245  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  59.39 
 
 		 200 aa  244  6.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  60.31 
 
 		 201 aa  244  6.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  59.28 
 
 		 201 aa  244  6.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  59.79 
 
 		 201 aa  243  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  59.28 
 
 		 201 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  60.42 
 
 		 200 aa  242  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  60.94 
 
 		 200 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  60.94 
 
 		 200 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  58.88 
 
 		 200 aa  240  9e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  58.38 
 
 		 200 aa  239  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  56.12 
 
 		 201 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4547  isopropylmalate isomerase small subunit  55.15 
 
 		 201 aa  231  4.0000000000000004e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258236  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3817  isopropylmalate isomerase small subunit  56.35 
 
 		 201 aa  231  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  55.33 
 
 		 200 aa  231  8.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  55.33 
 
 		 200 aa  230  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4233  isopropylmalate isomerase small subunit  54.55 
 
 		 201 aa  228  4e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0338  isopropylmalate isomerase small subunit  54.27 
 
 		 201 aa  227  8e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00370617  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4211  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.63 
 
 		 198 aa  227  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  54.87 
 
 		 200 aa  226  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  53.3 
 
 		 200 aa  226  3e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3758  isopropylmalate isomerase small subunit  55.15 
 
 		 201 aa  225  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  55.84 
 
 		 216 aa  225  5.0000000000000005e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  55.84 
 
 		 216 aa  225  5.0000000000000005e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0396  isopropylmalate isomerase small subunit  54.64 
 
 		 201 aa  224  6e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184497 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  53.81 
 
 		 200 aa  223  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0371  isopropylmalate isomerase small subunit  54.36 
 
 		 201 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3585  isopropylmalate isomerase small subunit  54.36 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  55.45 
 
 		 212 aa  221  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3825  isopropylmalate isomerase small subunit  55 
 
 		 201 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0337  isopropylmalate isomerase small subunit  54.87 
 
 		 201 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  53.3 
 
 		 201 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0474  isopropylmalate isomerase small subunit  53.57 
 
 		 201 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  54.95 
 
 		 212 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0414  isopropylmalate isomerase small subunit  53.3 
 
 		 201 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000110574 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0388  isopropylmalate isomerase small subunit  53.3 
 
 		 201 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0400  isopropylmalate isomerase small subunit  53.3 
 
 		 201 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  55.33 
 
 		 218 aa  218  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  55.72 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  52 
 
 		 216 aa  216  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  53.96 
 
 		 215 aa  217  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  52.48 
 
 		 217 aa  216  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  53.23 
 
 		 240 aa  215  4e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  53.5 
 
 		 215 aa  213  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  51.98 
 
 		 216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  53 
 
 		 215 aa  211  5.999999999999999e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 		 214 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 		 214 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 		 214 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3069  isopropylmalate isomerase small subunit  54 
 
 		 212 aa  210  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  51.98 
 
 		 216 aa  210  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.36 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 		 214 aa  209  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  52.22 
 
 		 217 aa  209  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  53.47 
 
 		 216 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  51.98 
 
 		 216 aa  208  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  50.5 
 
 		 216 aa  208  5e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  53.06 
 
 		 215 aa  207  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3568  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.81 
 
 		 203 aa  207  8e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  54.12 
 
 		 215 aa  207  9e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  52.26 
 
 		 212 aa  206  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  53.2 
 
 		 217 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  51.98 
 
 		 216 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  53 
 
 		 216 aa  206  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  52.55 
 
 		 216 aa  207  1e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 		 216 aa  206  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3040  isopropylmalate isomerase small subunit  50.99 
 
 		 216 aa  206  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 		 216 aa  205  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  51.28 
 
 		 212 aa  204  6e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  52.45 
 
 		 216 aa  204  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6848  isopropylmalate isomerase small subunit  52.22 
 
 		 217 aa  204  7e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0246289  normal  0.577423 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  52.45 
 
 		 216 aa  204  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 		 214 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2888  isopropylmalate isomerase small subunit  52.22 
 
 		 217 aa  203  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  52 
 
 		 216 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  52 
 
 		 216 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  52 
 
 		 216 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  52.31 
 
 		 212 aa  202  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  52 
 
 		 216 aa  203  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  53.5 
 
 		 214 aa  203  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.99 
 
 		 216 aa  202  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  51.47 
 
 		 216 aa  202  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 		 213 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.5 
 
 		 212 aa  202  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4274  isopropylmalate isomerase small subunit  51.52 
 
 		 212 aa  201  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0776  isopropylmalate isomerase small subunit  50.98 
 
 		 216 aa  201  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0211151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>