More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1543 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 68 aa  137  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  89.71 
 
 		 68 aa  125  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  88.24 
 
 		 68 aa  124  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.29 
 
 		 68 aa  120  8e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  83.58 
 
 		 69 aa  118  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.61 
 
 		 69 aa  115  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  85.94 
 
 		 69 aa  115  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  82.09 
 
 		 69 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.58 
 
 		 69 aa  115  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 68 aa  115  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  82.61 
 
 		 69 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 		 68 aa  114  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 68 aa  111  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 68 aa  111  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 68 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 68 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  76.47 
 
 		 69 aa  110  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  110  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.47 
 
 		 69 aa  110  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.47 
 
 		 69 aa  110  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.47 
 
 		 69 aa  110  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  77.61 
 
 		 69 aa  110  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.1 
 
 		 69 aa  110  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  76.47 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.95 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 69 aa  110  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  110  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  110  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  110  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  110  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.26 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.95 
 
 		 69 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 69 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.12 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  77.78 
 
 		 69 aa  104  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.78 
 
 		 69 aa  104  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.78 
 
 		 69 aa  104  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2955  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 68 aa  103  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0737  cold shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 69 aa  103  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225211  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.78 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.44 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  72.06 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  72.46 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  76.12 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  72.06 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 70 aa  101  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  71.01 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.46 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.46 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 69 aa  100  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 69 aa  100  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  73.53 
 
 		 70 aa  100  9e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  74.63 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000434433 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2041  hypothetical protein  69.7 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  68.25 
 
 		 66 aa  98.6  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  68.85 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.46 
 
 		 69 aa  97.4  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 69 aa  97.4  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.97 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  67.21 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  67.21 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2039  hypothetical protein  69.7 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  64.06 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.02 
 
 		 65 aa  96.7  9e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  62.69 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 70 aa  96.7  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  71.67 
 
 		 66 aa  95.5  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  68.75 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  65.22 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  71.21 
 
 		 70 aa  94.4  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  74.24 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  72.13 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  65.22 
 
 		 69 aa  94  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.64 
 
 		 73 aa  93.6  8e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.41 
 
 		 71 aa  93.6  8e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  68.33 
 
 		 85 aa  93.6  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.64 
 
 		 73 aa  93.6  8e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 70 aa  93.6  8e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 		 66 aa  93.6  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  71.67 
 
 		 66 aa  93.2  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  65.08 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  63.77 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.13 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  63.77 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  67.14 
 
 		 70 aa  93.2  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>