94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0947 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0947  response regulator receiver protein  100 
 
 		 539 aa  1109    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00824863  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01904  CheY-like receiver protein  35.56 
 
 		 533 aa  360  3e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.466885  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2920  response regulator receiver protein  22.2 
 
 		 538 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0284416  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0359  putative PAS/PAC sensor protein  29.17 
 
 		 560 aa  106  9e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2074  response regulator receiver domain-containing protein  23.31 
 
 		 551 aa  98.2  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1854  response regulator receiver domain-containing protein  24.5 
 
 		 549 aa  94.7  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.274781 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2318  response regulator receiver protein  24.6 
 
 		 403 aa  94  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06171  hypothetical protein  27.07 
 
 		 555 aa  92.4  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1257  response regulator VieB  22.53 
 
 		 553 aa  90.1  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00784807  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  23.57 
 
 		 546 aa  87.4  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02197  response regulator receiver protein  19.8 
 
 		 540 aa  87  8e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00179351  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0897  response regulator receiver protein  24.59 
 
 		 546 aa  83.2  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  21.5 
 
 		 533 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4101  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  25 
 
 		 572 aa  82  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1169  two component transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 549 aa  81.3  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  21.01 
 
 		 533 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0477  response regulator receiver domain-containing protein  22.04 
 
 		 537 aa  75.5  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1176  response regulator receiver protein  23.75 
 
 		 540 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0041  response regulator  22.83 
 
 		 535 aa  73.2  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0795  response regulator receiver protein  21.1 
 
 		 535 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184844 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0768  response regulator/TPR domain-containing protein  21.1 
 
 		 535 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  19.47 
 
 		 534 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1458  response regulator receiver protein  26.09 
 
 		 416 aa  72.4  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.893415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0809  response regulator receiver protein  20.89 
 
 		 535 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4421  response regulator receiver protein  21.57 
 
 		 535 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.763745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01769  response regulator receiver protein  20.95 
 
 		 561 aa  69.3  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.4688  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1457  response regulator receiver protein  23.41 
 
 		 421 aa  66.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1268  response regulator receiver protein  22.34 
 
 		 513 aa  65.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0145  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  20 
 
 		 449 aa  65.5  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  26.83 
 
 		 258 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2579  response regulator receiver protein  24.12 
 
 		 547 aa  57.8  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2578  response regulator receiver protein  19.92 
 
 		 577 aa  56.2  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000176794 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0315  putative response regulator  25.9 
 
 		 576 aa  54.3  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.601639  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1724  response regulator receiver domain-containing protein  26.77 
 
 		 352 aa  54.3  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3448  putative transcriptional regulator  25.2 
 
 		 143 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.132297  normal  0.0606491 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  29.91 
 
 		 109 aa  53.1  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1860  putative response regulator  23.33 
 
 		 432 aa  52.4  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.436307  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01100  sensory box/GGDEF family protein  26.05 
 
 		 798 aa  52.4  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 		 472 aa  51.6  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  30 
 
 		 450 aa  51.2  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  27.2 
 
 		 263 aa  50.8  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  25.83 
 
 		 603 aa  50.8  0.00006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3634  response regulator receiver  20.31 
 
 		 587 aa  50.4  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.351597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  24.39 
 
 		 474 aa  50.4  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  24.39 
 
 		 316 aa  49.7  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  25.62 
 
 		 380 aa  49.7  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2069  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.78 
 
 		 291 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.501994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2336  response regulator receiver protein  25.41 
 
 		 355 aa  48.9  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.404573  normal  0.642469 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  26.02 
 
 		 461 aa  48.9  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  25.58 
 
 		 130 aa  49.3  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4006  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 		 782 aa  48.5  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  23.39 
 
 		 265 aa  48.1  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2886  response regulator receiver protein  27.69 
 
 		 125 aa  48.1  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.8267e-27 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0048  putative PAS/PAC sensor protein  25.2 
 
 		 255 aa  47.8  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  25.41 
 
 		 131 aa  47.8  0.0005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2116  response regulator receiver  27.48 
 
 		 244 aa  47.8  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2393  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.48 
 
 		 244 aa  47.8  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.48 
 
 		 256 aa  47.4  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.59 
 
 		 386 aa  46.6  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  30.33 
 
 		 235 aa  46.6  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14950  response regulator with putative antiterminator output domain  24.39 
 
 		 215 aa  46.2  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.117628  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  23.36 
 
 		 651 aa  46.6  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4602  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  29.84 
 
 		 396 aa  45.8  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2902  two component LuxR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 212 aa  45.8  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1631  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.65 
 
 		 561 aa  46.2  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.608678  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  22.31 
 
 		 359 aa  46.2  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 245 aa  45.1  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  28.1 
 
 		 274 aa  45.1  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1630  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.35 
 
 		 243 aa  45.4  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3089  winged helix family two component transcriptional regulator  29.75 
 
 		 224 aa  45.1  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.136258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  25.62 
 
 		 157 aa  45.4  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1951  response regulator receiver domain-containing protein  24.17 
 
 		 135 aa  45.1  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.103033  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0202  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.13 
 
 		 781 aa  45.4  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.49 
 
 		 243 aa  44.7  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0455  response regulator receiver domain-containing protein  25.19 
 
 		 238 aa  44.7  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.21261 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4297  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.49 
 
 		 243 aa  44.7  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  25.62 
 
 		 450 aa  45.1  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.76 
 
 		 426 aa  44.3  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1860  response regulator receiver protein  23.58 
 
 		 129 aa  44.3  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.91 
 
 		 237 aa  44.3  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1885  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 1066 aa  44.3  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166704  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1452  response regulator receiver and unknown domain protein  28.23 
 
 		 224 aa  44.3  0.006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1110  response regulator receiver and ANTAR domain protein  30.09 
 
 		 197 aa  43.9  0.007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0520878  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0985  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.41 
 
 		 704 aa  43.9  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000494124  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  21.26 
 
 		 135 aa  43.9  0.007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3511  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 384 aa  43.9  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.253652 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11642  two component system transcriptional regulator  25.62 
 
 		 205 aa  43.9  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0378541  normal  0.634495 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3034  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.75 
 
 		 238 aa  43.9  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.633643  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  27.34 
 
 		 1331 aa  43.9  0.008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2840  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.79 
 
 		 213 aa  43.5  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0401204  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1517  response regulator receiver protein  23.58 
 
 		 129 aa  43.5  0.009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1173  response regulator receiver protein  27.2 
 
 		 128 aa  43.5  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  24.17 
 
 		 182 aa  43.5  0.009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  27.56 
 
 		 227 aa  43.5  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>