237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2834 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  96.88 
 
 		 513 aa  1013    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  100 
 
 		 513 aa  1044    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  70.58 
 
 		 523 aa  739    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  69.76 
 
 		 509 aa  731    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  65.74 
 
 		 508 aa  688    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  70.58 
 
 		 523 aa  733    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  66.14 
 
 		 508 aa  687    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  64.02 
 
 		 508 aa  672    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  65.54 
 
 		 513 aa  666    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  68.82 
 
 		 515 aa  718    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  63.89 
 
 		 507 aa  635    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  99.03 
 
 		 513 aa  1035    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  63.04 
 
 		 507 aa  624  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  59.69 
 
 		 517 aa  616  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  58.33 
 
 		 508 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  58.45 
 
 		 508 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  58.3 
 
 		 533 aa  594  1e-168  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  58.94 
 
 		 507 aa  590  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  57.87 
 
 		 523 aa  583  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  57.76 
 
 		 516 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  56.41 
 
 		 515 aa  579  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  57.99 
 
 		 509 aa  571  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  59.76 
 
 		 511 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  56.87 
 
 		 513 aa  564  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  54.51 
 
 		 508 aa  561  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  56.15 
 
 		 538 aa  561  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  54.72 
 
 		 519 aa  555  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  54.55 
 
 		 507 aa  552  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  54.35 
 
 		 510 aa  554  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  54.85 
 
 		 507 aa  551  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  54.65 
 
 		 514 aa  545  1e-154  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  55.07 
 
 		 510 aa  546  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  52.14 
 
 		 509 aa  547  1e-154  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  53.75 
 
 		 514 aa  541  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  54.53 
 
 		 510 aa  541  1e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  52.65 
 
 		 507 aa  542  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  54.46 
 
 		 514 aa  544  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  52.26 
 
 		 509 aa  540  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  54.3 
 
 		 508 aa  536  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  55.1 
 
 		 507 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  53.8 
 
 		 507 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  53.8 
 
 		 507 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  51.86 
 
 		 509 aa  522  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  53.63 
 
 		 507 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  53.63 
 
 		 507 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  51.69 
 
 		 525 aa  519  1e-146  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  50.79 
 
 		 510 aa  515  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  53.7 
 
 		 512 aa  513  1e-144  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  53.37 
 
 		 501 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  51.68 
 
 		 500 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  51.29 
 
 		 500 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  53.59 
 
 		 500 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  51.09 
 
 		 500 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  53.36 
 
 		 500 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  50.59 
 
 		 508 aa  486  1e-136  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  49.44 
 
 		 533 aa  484  1e-135  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  46.97 
 
 		 526 aa  473  1e-132  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  39.62 
 
 		 518 aa  326  5e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  41.12 
 
 		 530 aa  323  6e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  39.64 
 
 		 533 aa  320  3e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  39.61 
 
 		 516 aa  320  3e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  39.24 
 
 		 514 aa  318  2e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  38.77 
 
 		 524 aa  318  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  37.9 
 
 		 513 aa  318  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  38.81 
 
 		 564 aa  316  8e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  40.64 
 
 		 498 aa  312  1e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  38.43 
 
 		 533 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  38.28 
 
 		 524 aa  309  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  38.43 
 
 		 533 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  38.08 
 
 		 523 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  38.08 
 
 		 523 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3318  galactarate dehydratase  38.08 
 
 		 523 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0577  galactarate dehydratase  38.08 
 
 		 523 aa  307  3e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3425  galactarate dehydratase  38.08 
 
 		 523 aa  307  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  38.08 
 
 		 523 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4442  galactarate dehydratase  38.08 
 
 		 523 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.648393 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  38.08 
 
 		 523 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3398  galactarate dehydratase  37.99 
 
 		 524 aa  306  8.000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2484  galactarate dehydratase  36.79 
 
 		 533 aa  305  1.0000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000132334 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  34.55 
 
 		 493 aa  305  2.0000000000000002e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  37.98 
 
 		 517 aa  304  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3100  galactarate dehydratase  38.57 
 
 		 517 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  37.52 
 
 		 523 aa  302  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2816  galactarate dehydratase  38.9 
 
 		 517 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0628742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  37.52 
 
 		 523 aa  302  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  37.52 
 
 		 523 aa  302  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  37.52 
 
 		 523 aa  302  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4547  D-galactarate dehydratase  37.85 
 
 		 517 aa  300  3e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1778  galactarate dehydratase  39.31 
 
 		 534 aa  301  3e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479447  normal  0.643906 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2315  galactarate dehydratase  38.76 
 
 		 517 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3601  D-galactarate dehydratase, putative  38.76 
 
 		 517 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3558  galactarate dehydratase  37.38 
 
 		 524 aa  300  5e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4225  galactarate dehydratase  37.6 
 
 		 517 aa  299  7e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4320  Altronate dehydratase  36.64 
 
 		 496 aa  299  8e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1998  galactarate dehydratase  37.55 
 
 		 520 aa  299  8e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.257982  normal  0.434412 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  34.96 
 
 		 512 aa  297  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1138  galactarate dehydratase  37.67 
 
 		 523 aa  297  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3570  galactarate dehydratase  37.33 
 
 		 523 aa  297  4e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.631935 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1721  galactarate dehydratase  36.38 
 
 		 529 aa  297  4e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0799571  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3043  Altronate dehydratase  39.6 
 
 		 500 aa  295  1e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.551416  normal  0.217859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>