143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4677 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4677  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  411  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4957  transcriptional regulator, PadR-like family  56.68 
 
 		 212 aa  213  9.999999999999999e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3702  transcriptional regulator, PadR-like family  56.67 
 
 		 212 aa  206  2e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37830  transcriptional regulator, PadR family  49.76 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3567  PadR-like family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 213 aa  206  3e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.979058  normal  0.850546 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9364  transcriptional regulator protein-like protein  54.89 
 
 		 224 aa  205  5e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.401607  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0346  transcriptional regulator, PadR-like family  54.49 
 
 		 201 aa  202  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.824785  normal  0.03301 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2527  transcriptional regulator, PadR-like family  48.22 
 
 		 202 aa  194  1e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7317  PadR-like family transcriptional regulator  55.23 
 
 		 229 aa  191  4e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.16375 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2137  PadR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 199 aa  185  4e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3358  transcriptional regulator, PadR-like family  48.76 
 
 		 213 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4200  transcriptional regulator, PadR-like family  45.59 
 
 		 209 aa  173  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4528  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 272 aa  165  4e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3098  PadR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 187 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3510  transcriptional regulator, PadR-like family  47.13 
 
 		 198 aa  161  8.000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5073  transcriptional regulator, PadR-like family  42.65 
 
 		 205 aa  159  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.189916  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4747  transcriptional regulator PadR family protein  52.33 
 
 		 252 aa  158  4e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39320  transcriptional regulator, PadR family  48.31 
 
 		 184 aa  158  5e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.700238 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6039  PadR-like family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 181 aa  157  8e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.258534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10046  hypothetical protein  50 
 
 		 180 aa  156  3e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7032  transcriptional regulator, PadR-like family  51.4 
 
 		 181 aa  155  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0868  PadR-like family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.525718  normal  0.842124 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4562  transcriptional regulator PadR family protein  46.32 
 
 		 211 aa  154  6e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.605184  normal  0.596762 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5080  PadR-like family transcriptional regulator  45.32 
 
 		 212 aa  154  7e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.6626  hitchhiker  0.0000475922 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5920  transcriptional regulator, PadR-like family  50.56 
 
 		 198 aa  151  5.9999999999999996e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5383  transcriptional regulator, PadR-like family  46.99 
 
 		 249 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5375  PadR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 181 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.658005  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5464  PadR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 181 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0280313 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5751  PadR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 181 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.833226  normal  0.410016 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4194  transcriptional regulator, PadR-like family  44.1 
 
 		 199 aa  126  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1163  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.984047 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2509  PadR-like family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 165 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0736667  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2658  hypothetical protein  27.22 
 
 		 165 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287076  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2376  hypothetical protein  27.81 
 
 		 165 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.247862  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2655  hypothetical protein  28.4 
 
 		 165 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2451  hypothetical protein  27.81 
 
 		 165 aa  64.3  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.073124  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2413  hypothetical protein  27.81 
 
 		 165 aa  64.3  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000015361  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2631  hypothetical protein  27.81 
 
 		 165 aa  64.3  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2649  hypothetical protein  27.81 
 
 		 165 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000115894 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2669  hypothetical protein  27.81 
 
 		 165 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.010535 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1535  transcriptional regulator, PadR-like family  35.71 
 
 		 183 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.918183  normal  0.0405313 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0527  PadR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2526  PadR-like family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 183 aa  59.3  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0713427  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8023  transcriptional regulator protein-like protein  41.18 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  29.35 
 
 		 174 aa  57.8  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  26.7 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0811  PadR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 170 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3759  transcriptional regulator  23.63 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.779947  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0379  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 177 aa  54.7  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4407  transcriptional regulator protein-like protein  32.63 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0291759 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4106  transcriptional repressor PadR  24.18 
 
 		 185 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.322832  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4159  transcriptional regulator, PadR-like family  37.08 
 
 		 176 aa  53.9  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  32.1 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1133  transcriptional repressor PadR  24.18 
 
 		 185 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.874315 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 183 aa  52.8  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4052  hypothetical protein  23.08 
 
 		 185 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166884  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3911  hypothetical protein  23.63 
 
 		 185 aa  52.4  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3743  transcriptional regulator  23.63 
 
 		 185 aa  52.4  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000898433  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4217  hypothetical protein  23.63 
 
 		 185 aa  52.4  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000647114  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  38.16 
 
 		 176 aa  52.8  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4019  hypothetical protein  23.63 
 
 		 185 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4125  hypothetical protein  23.08 
 
 		 185 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0396692  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  27.11 
 
 		 174 aa  52.4  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3830  PadR-like family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 185 aa  51.6  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.037852  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  27.22 
 
 		 175 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0503  transcriptional regulator, PadR-like family  27.94 
 
 		 179 aa  50.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100232  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0038  transcriptional regulator, PadR-like family  42.11 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.698447  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3472  PadR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 120 aa  49.3  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0715346 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1562  transcriptional regulator, PadR-like family  35.96 
 
 		 186 aa  49.3  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.553173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  30.36 
 
 		 175 aa  49.3  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2396  transcriptional regulator, PadR-like family  38.46 
 
 		 111 aa  49.3  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.109028  normal  0.171865 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1777  hypothetical protein  25.9 
 
 		 176 aa  48.5  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.354573 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  43.9 
 
 		 195 aa  48.5  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3181  transcriptional regulator, PadR-like family  29.17 
 
 		 177 aa  48.1  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000117068  hitchhiker  0.000000000506359 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0887  transcriptional regulator, PadR-like family  36.7 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.84074  normal  0.410025 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1578  PadR-like family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 185 aa  48.1  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.59882  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1999  transcriptional regulator, PadR-like family  33.72 
 
 		 198 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.893773  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0876  PadR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.184962  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0784  transcriptional regulator, PadR-like family  31.65 
 
 		 222 aa  46.6  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0057  transcriptional regulator, PadR-like family  31.21 
 
 		 168 aa  47  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 152 aa  45.8  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0184  PadR-like family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 179 aa  45.8  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  29.81 
 
 		 172 aa  45.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  33.8 
 
 		 174 aa  45.8  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  40.74 
 
 		 123 aa  45.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2179  PadR-like family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 186 aa  45.4  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 175 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4689  transcriptional regulator  37.21 
 
 		 177 aa  45.4  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.284032  normal  0.787552 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2933  PadR-like family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 190 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.568859  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0122  PadR-like family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 190 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166129  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1993  transcriptional regulator, PadR-like family  37.84 
 
 		 107 aa  45.1  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.765293  normal  0.399206 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0136  PadR-like family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 190 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3185  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 193 aa  44.7  0.0008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0506611  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 179 aa  44.7  0.0009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1891  PadR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 134 aa  44.3  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.240691  normal  0.0316492 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5624  transcriptional regulator, PadR-like family  26.92 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.218719 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3170  transcriptional regulator, PadR family domain protein  34.88 
 
 		 193 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  27.49 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4304  hypothetical protein  33.33 
 
 		 119 aa  44.3  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>