More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2601 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
267 aa  527  1e-149  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.43 
 
 
272 aa  309  2.9999999999999997e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.21 
 
 
273 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  60 
 
 
268 aa  295  7e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55 
 
 
292 aa  282  4.0000000000000003e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.69 
 
 
269 aa  278  8e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.73 
 
 
307 aa  274  9e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  54.98 
 
 
275 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.37 
 
 
269 aa  270  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  51.67 
 
 
271 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.37 
 
 
267 aa  265  4e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.44 
 
 
321 aa  263  1e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.83 
 
 
304 aa  259  4e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.85 
 
 
269 aa  258  8e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.83 
 
 
332 aa  257  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  54.55 
 
 
269 aa  256  2e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.1 
 
 
276 aa  255  4e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  50.2 
 
 
275 aa  251  9.000000000000001e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.36 
 
 
279 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.13 
 
 
282 aa  230  2e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  49.65 
 
 
316 aa  228  7e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  46.43 
 
 
286 aa  228  9e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  47.06 
 
 
284 aa  227  1e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  49.22 
 
 
280 aa  222  4.9999999999999996e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  46.82 
 
 
267 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.27 
 
 
270 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.9 
 
 
270 aa  219  5e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.9 
 
 
270 aa  219  5e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.97 
 
 
272 aa  218  7e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.35 
 
 
279 aa  217  2e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  42.35 
 
 
292 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.44 
 
 
275 aa  208  6e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.78 
 
 
275 aa  208  8e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.68 
 
 
283 aa  207  1e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  46.13 
 
 
303 aa  207  1e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.06 
 
 
268 aa  202  6e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.64 
 
 
268 aa  199  3e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  42.97 
 
 
288 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.49 
 
 
266 aa  196  3e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.19 
 
 
284 aa  186  3e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.84 
 
 
280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.66 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.72 
 
 
290 aa  172  3.9999999999999995e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.66 
 
 
269 aa  172  5.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.38 
 
 
266 aa  155  8e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.44 
 
 
268 aa  152  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.92 
 
 
268 aa  146  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.31 
 
 
275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  35.61 
 
 
279 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  39.39 
 
 
276 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.45 
 
 
272 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.27 
 
 
269 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.93 
 
 
274 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.92 
 
 
269 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.53 
 
 
275 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.76 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.56 
 
 
274 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  38.91 
 
 
226 aa  125  7e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.14 
 
 
269 aa  122  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  31.95 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.17 
 
 
291 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.1 
 
 
316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.07 
 
 
285 aa  104  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.59 
 
 
269 aa  95.5  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  27.97 
 
 
264 aa  93.6  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  27.46 
 
 
389 aa  89  8e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.92 
 
 
245 aa  88.2  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.83 
 
 
265 aa  87.8  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.2 
 
 
248 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  32.14 
 
 
260 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0221  RNA methyltransferase  34.94 
 
 
226 aa  87.4  2e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0334  rRNA methylase  26.64 
 
 
257 aa  87  3e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.693845  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  39.6 
 
 
186 aa  85.5  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2978  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.12 
 
 
248 aa  85.5  8e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.27358  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3022  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.12 
 
 
248 aa  85.5  8e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.87649 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0769  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.3 
 
 
267 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  35.67 
 
 
293 aa  84.3  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0406  RNA methyltransferase  26 
 
 
244 aa  84  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0940631  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.09 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  33.87 
 
 
288 aa  84  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.9 
 
 
256 aa  83.2  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0173286  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3094  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.57 
 
 
262 aa  82.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922753  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1516  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.16 
 
 
262 aa  82.8  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.85 
 
 
286 aa  82  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.260618 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.79 
 
 
276 aa  82  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1412  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.2 
 
 
296 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908439  normal  0.353351 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0856  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.71 
 
 
296 aa  81.6  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.48 
 
 
286 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl258  rRNA methylase  21.46 
 
 
251 aa  80.9  0.00000000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000982584  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  36.56 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.73 
 
 
227 aa  81.3  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.130362  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.99 
 
 
186 aa  80.9  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0720  RNA methyltransferase  24.42 
 
 
246 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.186553  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.18 
 
 
277 aa  80.5  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1107  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.09 
 
 
260 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1196  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.25 
 
 
246 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.25 
 
 
246 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1180  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.75 
 
 
338 aa  79.3  0.00000000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000228447  hitchhiker  0.0000274792 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0968  RNA methyltransferase  36.02 
 
 
291 aa  79  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0219055 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3844  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.35 
 
 
275 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>