More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2611 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
275 aa  541  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  61.45 
 
 
279 aa  323  1e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.07 
 
 
274 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.33 
 
 
274 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.46 
 
 
266 aa  288  5.0000000000000004e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  51.32 
 
 
276 aa  257  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.5 
 
 
275 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.76 
 
 
269 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.06 
 
 
268 aa  238  5.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.19 
 
 
269 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.15 
 
 
269 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.45 
 
 
272 aa  226  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50 
 
 
269 aa  226  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  51.16 
 
 
226 aa  218  7e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.08 
 
 
268 aa  213  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  38.24 
 
 
271 aa  203  2e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.27 
 
 
291 aa  192  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.1 
 
 
307 aa  142  6e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  36.86 
 
 
267 aa  142  6e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.52 
 
 
272 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37 
 
 
270 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37 
 
 
270 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.73 
 
 
321 aa  137  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.63 
 
 
270 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.55 
 
 
272 aa  135  7.000000000000001e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.03 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  33.94 
 
 
271 aa  132  5e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.37 
 
 
268 aa  132  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.79 
 
 
269 aa  132  6.999999999999999e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.53 
 
 
267 aa  132  7.999999999999999e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  32.98 
 
 
284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  35.4 
 
 
275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.09 
 
 
269 aa  129  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  36.82 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.87 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.73 
 
 
268 aa  126  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.81 
 
 
276 aa  125  5e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.41 
 
 
332 aa  125  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.25 
 
 
283 aa  126  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  36.23 
 
 
288 aa  124  1e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  38.85 
 
 
280 aa  123  3e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.04 
 
 
275 aa  123  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  34.3 
 
 
268 aa  122  6e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.08 
 
 
267 aa  120  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.04 
 
 
266 aa  120  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  34.09 
 
 
275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.99 
 
 
284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.98 
 
 
279 aa  119  7e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.38 
 
 
304 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.58 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.45 
 
 
279 aa  116  3e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  32.38 
 
 
286 aa  116  3e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  35.14 
 
 
316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.94 
 
 
269 aa  113  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
292 aa  112  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.41 
 
 
285 aa  112  6e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.74 
 
 
275 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.91 
 
 
283 aa  106  5e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  31.08 
 
 
292 aa  103  3e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  34.63 
 
 
303 aa  100  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.19 
 
 
316 aa  96.7  4e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33 
 
 
290 aa  94  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.65 
 
 
280 aa  91.7  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  29.1 
 
 
389 aa  87.8  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.15 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.67 
 
 
252 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  28.09 
 
 
265 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  28.09 
 
 
265 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  28.68 
 
 
265 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  28.09 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  28.09 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  28.62 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  24.91 
 
 
264 aa  79.3  0.00000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  27.72 
 
 
254 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  27.17 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  27.92 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0221  RNA methyltransferase  31.98 
 
 
226 aa  78.6  0.0000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1207  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.17 
 
 
270 aa  78.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0784669  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.52 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.15 
 
 
261 aa  76.3  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.52 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.004624  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0145  RNA methyltransferase  28.36 
 
 
297 aa  75.1  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0150  RNA methyltransferase  28.36 
 
 
297 aa  75.1  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.32 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.130362  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.72 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0464  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.73 
 
 
257 aa  74.7  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.57 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.02 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  31.82 
 
 
265 aa  72.8  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0162  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.49 
 
 
294 aa  72.4  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1908  RNA methyltransferase TrmH, group 3  27.65 
 
 
226 aa  72.4  0.000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.47 
 
 
306 aa  71.2  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  32.5 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2613  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.85 
 
 
285 aa  70.1  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1087  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.07 
 
 
266 aa  69.3  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199948  normal  0.0146207 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.53 
 
 
265 aa  69.3  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  27.84 
 
 
246 aa  68.2  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0915  rRNA methylase  27.62 
 
 
255 aa  68.6  0.0000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00701819  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.31 
 
 
245 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1899  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.12 
 
 
251 aa  67.8  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.342149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>