More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2264 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  100 
 
 
268 aa  529  1e-149  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.15 
 
 
272 aa  359  2e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.94 
 
 
273 aa  338  5.9999999999999996e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60 
 
 
267 aa  308  4e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  57.97 
 
 
275 aa  287  1e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.35 
 
 
292 aa  280  1e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.51 
 
 
321 aa  271  7e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.89 
 
 
307 aa  271  1e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.73 
 
 
269 aa  263  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.83 
 
 
332 aa  250  2e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.94 
 
 
267 aa  248  6e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.75 
 
 
269 aa  245  4.9999999999999997e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.31 
 
 
276 aa  242  3.9999999999999997e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.76 
 
 
304 aa  237  2e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  46.67 
 
 
271 aa  235  6e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  51.97 
 
 
269 aa  232  5e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.03 
 
 
269 aa  231  8.000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  48.81 
 
 
316 aa  228  6e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.71 
 
 
272 aa  225  5.0000000000000005e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  45 
 
 
284 aa  224  1e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50 
 
 
279 aa  223  2e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  50.38 
 
 
267 aa  222  6e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  47.78 
 
 
288 aa  221  8e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.21 
 
 
270 aa  218  5e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.84 
 
 
270 aa  216  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.84 
 
 
270 aa  216  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.04 
 
 
275 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.44 
 
 
268 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  44.36 
 
 
275 aa  211  7.999999999999999e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  45.07 
 
 
286 aa  211  9e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.73 
 
 
283 aa  209  3e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.43 
 
 
275 aa  204  8e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  42.07 
 
 
292 aa  204  1e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  49.06 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.06 
 
 
284 aa  198  9e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.43 
 
 
279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.2 
 
 
268 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.43 
 
 
283 aa  188  8e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.22 
 
 
282 aa  187  2e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  44.28 
 
 
303 aa  183  3e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.5 
 
 
280 aa  181  1e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.15 
 
 
266 aa  179  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.49 
 
 
290 aa  178  8e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.7 
 
 
269 aa  154  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.89 
 
 
266 aa  153  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.97 
 
 
268 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 
268 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  36.97 
 
 
279 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  38.24 
 
 
276 aa  143  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 
269 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  39.09 
 
 
226 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.07 
 
 
272 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.3 
 
 
275 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.52 
 
 
269 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.22 
 
 
275 aa  131  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.43 
 
 
269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.67 
 
 
269 aa  125  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  32.96 
 
 
271 aa  122  7e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.56 
 
 
274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.58 
 
 
285 aa  119  3.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.46 
 
 
274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.79 
 
 
316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.94 
 
 
291 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0334  rRNA methylase  28.45 
 
 
257 aa  99  8e-20  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.693845  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2125  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.95 
 
 
267 aa  94  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00183225 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0190  RNA methyltransferase  36.05 
 
 
251 aa  92  8e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.153268  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1311  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.12 
 
 
269 aa  90.9  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.662329  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.87 
 
 
250 aa  90.9  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  39.25 
 
 
245 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1644  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.76 
 
 
234 aa  89.4  5e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000329546  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  32.64 
 
 
288 aa  89.4  6e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  35.29 
 
 
288 aa  88.6  9e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.83 
 
 
327 aa  87.8  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1164  hypothetical protein  30.38 
 
 
246 aa  87.8  2e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.2944 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.83 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0172  RNA methyltransferase  26.27 
 
 
249 aa  86.3  4e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0806813  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1853  RNA methyltransferase  23.33 
 
 
257 aa  86.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683239  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  28.73 
 
 
389 aa  86.3  5e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0683  spoU rRNA methylase family protein  28.52 
 
 
265 aa  86.3  5e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.827085  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  25.3 
 
 
267 aa  86.3  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.94 
 
 
261 aa  86.3  5e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.142554  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  27.07 
 
 
254 aa  85.9  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  27.07 
 
 
254 aa  85.9  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  27.44 
 
 
265 aa  85.5  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  27.44 
 
 
265 aa  85.5  8e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  33.33 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1180  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.51 
 
 
338 aa  84.7  0.000000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000228447  hitchhiker  0.0000274792 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  32.4 
 
 
261 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  33.16 
 
 
293 aa  85.1  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  27.07 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  27.44 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  26.49 
 
 
265 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2061  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.63 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  27.44 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.67 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.3 
 
 
256 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  31.23 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.57 
 
 
265 aa  84  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  29.96 
 
 
246 aa  83.6  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.3 
 
 
256 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>