More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3443 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
269 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  96.28 
 
 
269 aa  495  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  91.76 
 
 
269 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.33 
 
 
269 aa  333  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.52 
 
 
272 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.68 
 
 
291 aa  287  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.93 
 
 
266 aa  280  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.58 
 
 
268 aa  259  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.98 
 
 
268 aa  257  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  50.75 
 
 
276 aa  245  6e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.76 
 
 
275 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.43 
 
 
275 aa  234  9e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  47.99 
 
 
279 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.12 
 
 
274 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.74 
 
 
274 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  47.81 
 
 
226 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  37.16 
 
 
271 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  41.04 
 
 
267 aa  155  5.0000000000000005e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.03 
 
 
270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.03 
 
 
270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.66 
 
 
270 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.84 
 
 
268 aa  149  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.19 
 
 
272 aa  149  7e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.93 
 
 
275 aa  146  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  39.55 
 
 
288 aa  145  5e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.78 
 
 
268 aa  145  9e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.91 
 
 
307 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.16 
 
 
273 aa  143  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.12 
 
 
266 aa  142  9e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.07 
 
 
321 aa  137  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.27 
 
 
267 aa  135  6.0000000000000005e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.3 
 
 
292 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  38.63 
 
 
275 aa  133  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.08 
 
 
269 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.21 
 
 
304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.71 
 
 
332 aa  126  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.93 
 
 
272 aa  126  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  37.37 
 
 
284 aa  125  7e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.92 
 
 
284 aa  123  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  36.55 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  38.23 
 
 
316 aa  120  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  38.52 
 
 
268 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.4 
 
 
269 aa  119  6e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.25 
 
 
283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.11 
 
 
283 aa  116  3e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.09 
 
 
276 aa  115  6e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.26 
 
 
269 aa  115  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.46 
 
 
279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  35.96 
 
 
269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  35.69 
 
 
303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  33.45 
 
 
271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  38.28 
 
 
275 aa  109  5e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.29 
 
 
267 aa  108  8.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.63 
 
 
282 aa  107  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.1 
 
 
279 aa  106  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.85 
 
 
269 aa  105  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.23 
 
 
285 aa  102  7e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.47 
 
 
316 aa  101  1e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  32.65 
 
 
292 aa  99.8  4e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.18 
 
 
280 aa  99.8  5e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  36.3 
 
 
280 aa  95.9  6e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.1 
 
 
275 aa  93.2  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.55 
 
 
290 aa  90.5  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  29.13 
 
 
389 aa  88.6  1e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1087  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.71 
 
 
266 aa  87.8  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199948  normal  0.0146207 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  30.35 
 
 
261 aa  80.5  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.73 
 
 
260 aa  79.3  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0303105  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.87 
 
 
252 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.71 
 
 
289 aa  76.6  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00455486  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4499  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  27.61 
 
 
270 aa  75.9  0.0000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.266243  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0221  RNA methyltransferase  32.73 
 
 
226 aa  75.5  0.0000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  35.47 
 
 
234 aa  73.9  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.14 
 
 
260 aa  73.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5480  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.7 
 
 
272 aa  72.8  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666691  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.44 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
245 aa  71.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0404  methyltransferase GidB  38.97 
 
 
490 aa  70.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.41 
 
 
248 aa  70.1  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2951  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.59 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3145  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.59 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00100034  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0262  RNA methyltransferase  25.12 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295307  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1516  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.68 
 
 
262 aa  69.3  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2978  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.86 
 
 
248 aa  69.3  0.00000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.27358  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3022  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.86 
 
 
248 aa  69.3  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.87649 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  29.95 
 
 
314 aa  69.3  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_87970  predicted protein  34.75 
 
 
306 aa  69.3  0.00000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000586786  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.57 
 
 
227 aa  68.2  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.130362  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1800  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.98 
 
 
265 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1616  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.98 
 
 
248 aa  67  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.439996 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1483  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.31 
 
 
297 aa  67  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000016152 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1765  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.33 
 
 
271 aa  66.2  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01710  rRNA methylase  29.09 
 
 
271 aa  65.9  0.0000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.43805 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  28.46 
 
 
265 aa  64.7  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1908  RNA methyltransferase TrmH, group 3  31.72 
 
 
226 aa  65.1  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.33 
 
 
496 aa  64.7  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0306284  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  31.4 
 
 
246 aa  65.1  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.67 
 
 
321 aa  65.1  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0609  RNA methyltransferase TrmH  29.11 
 
 
254 aa  64.3  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0802048 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.07 
 
 
261 aa  64.3  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.142554  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  36.99 
 
 
386 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>