More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0846 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  100 
 
 
316 aa  596  1e-169  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.84 
 
 
332 aa  356  1.9999999999999998e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.06 
 
 
321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.29 
 
 
307 aa  281  8.000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.83 
 
 
269 aa  265  1e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.85 
 
 
304 aa  258  1e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.24 
 
 
269 aa  257  2e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.24 
 
 
269 aa  253  4.0000000000000004e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.74 
 
 
273 aa  251  1e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  48.8 
 
 
271 aa  249  3e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.26 
 
 
267 aa  244  9.999999999999999e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.65 
 
 
267 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  50.35 
 
 
268 aa  242  6e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.35 
 
 
272 aa  242  6e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  49.66 
 
 
275 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.87 
 
 
276 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  53.07 
 
 
269 aa  231  1e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.14 
 
 
272 aa  226  4e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.71 
 
 
279 aa  224  1e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  45.18 
 
 
292 aa  224  2e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  45.27 
 
 
284 aa  222  8e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.18 
 
 
292 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  44.96 
 
 
275 aa  209  4e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.52 
 
 
270 aa  209  6e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.52 
 
 
270 aa  209  6e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  48.79 
 
 
280 aa  208  9e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  44.95 
 
 
286 aa  208  9e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.17 
 
 
270 aa  208  9e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.11 
 
 
275 aa  203  3e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.37 
 
 
283 aa  202  6e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  44.25 
 
 
267 aa  202  7e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.6 
 
 
282 aa  196  3e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.76 
 
 
268 aa  196  6e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  44.24 
 
 
288 aa  196  6e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.73 
 
 
279 aa  195  7e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.96 
 
 
284 aa  187  2e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.75 
 
 
275 aa  187  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.01 
 
 
268 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  42.19 
 
 
303 aa  179  7e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.26 
 
 
266 aa  169  5e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.46 
 
 
290 aa  167  2e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.28 
 
 
283 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.85 
 
 
269 aa  165  9e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.8 
 
 
280 aa  159  4e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.34 
 
 
268 aa  156  6e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.98 
 
 
266 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.55 
 
 
269 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.86 
 
 
268 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.58 
 
 
316 aa  136  4e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.46 
 
 
275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.2 
 
 
269 aa  132  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.18 
 
 
272 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.62 
 
 
274 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.8 
 
 
269 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.96 
 
 
274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  36.08 
 
 
276 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  36.3 
 
 
279 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.97 
 
 
269 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.43 
 
 
275 aa  119  7.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.77 
 
 
291 aa  119  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  30.93 
 
 
271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  37.08 
 
 
226 aa  114  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  30.65 
 
 
389 aa  102  9e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.21 
 
 
285 aa  95.5  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  25.7 
 
 
254 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  25.7 
 
 
254 aa  85.9  9e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0769  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.6 
 
 
267 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  25.7 
 
 
265 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  25.35 
 
 
254 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  25.7 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.52 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  25.35 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  25.35 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  25.35 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25 
 
 
254 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  25.35 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.94 
 
 
254 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3823  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.18 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0827889  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.05 
 
 
251 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.8 
 
 
254 aa  75.9  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.56 
 
 
257 aa  75.5  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.560125  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  26.42 
 
 
264 aa  75.5  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  30.35 
 
 
234 aa  75.1  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.52 
 
 
246 aa  73.9  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1196  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.52 
 
 
246 aa  73.9  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01710  rRNA methylase  36.36 
 
 
271 aa  73.2  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.43805 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.58 
 
 
262 aa  73.2  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0623  rRNA methylase  25.19 
 
 
252 aa  72.8  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  23.65 
 
 
267 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.29 
 
 
261 aa  72.4  0.000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0720  RNA methyltransferase  24.62 
 
 
246 aa  72  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.186553  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.18 
 
 
260 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1606  RNA methyltransferase  25.96 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0012787  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.95 
 
 
261 aa  69.7  0.00000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.142554  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2125  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.63 
 
 
267 aa  69.3  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00183225 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1207  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.14 
 
 
270 aa  68.9  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0784669  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0221  RNA methyltransferase  28.95 
 
 
226 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.41 
 
 
265 aa  68.9  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.37 
 
 
272 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000452495  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0856  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.32 
 
 
296 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>