More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3008 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
321 aa  636    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  94.18 
 
 
307 aa  517  1e-146  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.33 
 
 
304 aa  287  1e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.38 
 
 
332 aa  272  7e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.44 
 
 
267 aa  264  2e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.62 
 
 
269 aa  261  1e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  54.14 
 
 
268 aa  260  2e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  56.25 
 
 
316 aa  260  2e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.63 
 
 
273 aa  260  2e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.38 
 
 
269 aa  247  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  49.07 
 
 
271 aa  245  6.999999999999999e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.71 
 
 
272 aa  245  9e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  50.9 
 
 
275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  52.92 
 
 
269 aa  238  1e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.82 
 
 
292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.09 
 
 
269 aa  233  2.0000000000000002e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.18 
 
 
267 aa  230  3e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  47.71 
 
 
267 aa  222  6e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.37 
 
 
279 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.45 
 
 
276 aa  219  3e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.04 
 
 
272 aa  217  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.04 
 
 
275 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  46.79 
 
 
288 aa  216  4e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.56 
 
 
270 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.56 
 
 
270 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.18 
 
 
270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  42.86 
 
 
284 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.15 
 
 
268 aa  209  7e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.12 
 
 
268 aa  206  4e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  43.92 
 
 
275 aa  206  6e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.49 
 
 
283 aa  203  3e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.54 
 
 
284 aa  203  3e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.86 
 
 
279 aa  202  4e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.07 
 
 
266 aa  202  5e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  48.16 
 
 
280 aa  202  5e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  42.29 
 
 
286 aa  202  8e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.64 
 
 
275 aa  194  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  38.21 
 
 
292 aa  192  8e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.68 
 
 
283 aa  189  5e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  42.44 
 
 
303 aa  186  4e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.76 
 
 
280 aa  185  9e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.63 
 
 
282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.51 
 
 
269 aa  172  5e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.93 
 
 
290 aa  171  2e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.45 
 
 
268 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.61 
 
 
266 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  39.34 
 
 
276 aa  159  6e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.24 
 
 
275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.55 
 
 
274 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.91 
 
 
274 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  40.36 
 
 
226 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.92 
 
 
268 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.07 
 
 
269 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.73 
 
 
275 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  37.73 
 
 
279 aa  136  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.39 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.63 
 
 
269 aa  134  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.78 
 
 
269 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.41 
 
 
272 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  29.71 
 
 
271 aa  112  8.000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.66 
 
 
285 aa  112  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.96 
 
 
316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.06 
 
 
291 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  28.35 
 
 
389 aa  92.8  6e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.92 
 
 
254 aa  92.8  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0334  rRNA methylase  21.59 
 
 
257 aa  87.4  3e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.693845  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2125  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25 
 
 
267 aa  87  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00183225 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  26.34 
 
 
254 aa  86.3  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  26.34 
 
 
254 aa  86.3  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  26.34 
 
 
265 aa  85.9  9e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  26.34 
 
 
254 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  26.34 
 
 
254 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  26.34 
 
 
265 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.75 
 
 
254 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.46 
 
 
286 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0769  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.37 
 
 
267 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1180  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.4 
 
 
338 aa  84.3  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000228447  hitchhiker  0.0000274792 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  25.93 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  25.51 
 
 
254 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  25.93 
 
 
254 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1516  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.71 
 
 
262 aa  82.8  0.000000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.99 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.12 
 
 
265 aa  82.4  0.000000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.76 
 
 
256 aa  82.4  0.000000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0173286  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.06 
 
 
245 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.51 
 
 
254 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.24 
 
 
251 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.09 
 
 
286 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.260618 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1819  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.51 
 
 
269 aa  79  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.175485  normal  0.555192 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.32 
 
 
250 aa  79  0.0000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0464  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.47 
 
 
257 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  21.98 
 
 
267 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  26.34 
 
 
264 aa  77.4  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3173  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.67 
 
 
261 aa  76.6  0.0000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0121288  normal  0.209756 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0623  rRNA methylase  24.24 
 
 
252 aa  75.9  0.0000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  25.68 
 
 
177 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1311  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.17 
 
 
269 aa  75.5  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.662329  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0294  rRNA methyltransferase  25 
 
 
245 aa  75.1  0.000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000126477  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  27.37 
 
 
274 aa  75.5  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  23.81 
 
 
269 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>