More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0835 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
266 aa  526  1e-148  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.31 
 
 
275 aa  288  7e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.26 
 
 
270 aa  282  5.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.26 
 
 
270 aa  282  5.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.52 
 
 
270 aa  279  3e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.54 
 
 
268 aa  278  7e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  59.16 
 
 
288 aa  272  5.000000000000001e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.27 
 
 
284 aa  250  1e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.86 
 
 
268 aa  243  3e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  52.11 
 
 
267 aa  229  4e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.81 
 
 
283 aa  228  9e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.07 
 
 
321 aa  202  3e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.82 
 
 
307 aa  202  5e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.49 
 
 
267 aa  196  3e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.17 
 
 
269 aa  195  8.000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.17 
 
 
269 aa  190  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.22 
 
 
269 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.28 
 
 
304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  41.33 
 
 
271 aa  181  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.66 
 
 
269 aa  177  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  42.49 
 
 
275 aa  177  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  43.56 
 
 
268 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.66 
 
 
332 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  41.76 
 
 
286 aa  174  9.999999999999999e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.15 
 
 
276 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  39.56 
 
 
284 aa  168  6e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.03 
 
 
272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.58 
 
 
272 aa  166  5e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  44.31 
 
 
269 aa  163  3e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  40.75 
 
 
276 aa  160  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.97 
 
 
283 aa  160  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.27 
 
 
279 aa  160  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.36 
 
 
273 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.97 
 
 
268 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  41.26 
 
 
303 aa  156  4e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.67 
 
 
268 aa  156  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.5 
 
 
275 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.64 
 
 
267 aa  155  5.0000000000000005e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41 
 
 
279 aa  154  1e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.15 
 
 
266 aa  153  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  41.39 
 
 
280 aa  149  4e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  39.86 
 
 
316 aa  149  5e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  42.73 
 
 
226 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  36.12 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  38.67 
 
 
275 aa  146  3e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.54 
 
 
275 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.18 
 
 
274 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.57 
 
 
292 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.12 
 
 
269 aa  142  8e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.82 
 
 
274 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.2 
 
 
282 aa  139  4.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.91 
 
 
269 aa  136  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  38.77 
 
 
279 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.2 
 
 
280 aa  135  9e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.96 
 
 
290 aa  129  3e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.17 
 
 
285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.3 
 
 
269 aa  125  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.43 
 
 
316 aa  124  1e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.26 
 
 
291 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.04 
 
 
275 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.33 
 
 
269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.33 
 
 
272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  30.68 
 
 
271 aa  108  9.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  31.63 
 
 
389 aa  94.4  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  32.5 
 
 
234 aa  92.8  5e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.82 
 
 
245 aa  91.7  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0334  rRNA methylase  24.52 
 
 
257 aa  84  0.000000000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.693845  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.63 
 
 
266 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.004624  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.63 
 
 
250 aa  82.8  0.000000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  34.43 
 
 
275 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1765  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.98 
 
 
271 aa  80.9  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  27.65 
 
 
265 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  27.65 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  27.65 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.52 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  27.65 
 
 
265 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  27.65 
 
 
254 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0856  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.86 
 
 
296 aa  79  0.00000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  27.65 
 
 
254 aa  78.6  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  27.65 
 
 
254 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  27.27 
 
 
265 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0116  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  31.73 
 
 
238 aa  77.8  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.328344  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  27.65 
 
 
254 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1853  RNA methyltransferase  23.7 
 
 
257 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683239  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.27 
 
 
254 aa  77  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.37 
 
 
251 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2141  RNA methyltransferase  29.94 
 
 
257 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1606  RNA methyltransferase  31.74 
 
 
278 aa  76.3  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15011  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.37 
 
 
269 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2801  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.75 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  38.31 
 
 
250 aa  75.5  0.0000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2051  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.69 
 
 
254 aa  75.5  0.0000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.154178  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.36 
 
 
277 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.27 
 
 
267 aa  75.1  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000197241  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.85 
 
 
246 aa  74.3  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1311  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.4 
 
 
269 aa  73.9  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.662329  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3055  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.09 
 
 
236 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.915806  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01710  rRNA methylase  39.35 
 
 
271 aa  74.3  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.43805 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1196  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.85 
 
 
246 aa  74.3  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.76 
 
 
286 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>