More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3534 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  100 
 
 
279 aa  551  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.14 
 
 
274 aa  328  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.45 
 
 
275 aa  323  1e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.68 
 
 
274 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.96 
 
 
266 aa  269  5e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  52.29 
 
 
276 aa  258  6e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.91 
 
 
275 aa  246  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.99 
 
 
269 aa  231  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.96 
 
 
269 aa  227  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.37 
 
 
268 aa  226  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.63 
 
 
269 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  54.25 
 
 
226 aa  221  8e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.44 
 
 
272 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.58 
 
 
269 aa  210  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  39.33 
 
 
271 aa  207  1e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.39 
 
 
268 aa  207  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.15 
 
 
291 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.25 
 
 
269 aa  155  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  38.03 
 
 
267 aa  151  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.59 
 
 
275 aa  149  4e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.52 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  37.1 
 
 
288 aa  147  3e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.56 
 
 
270 aa  145  5e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.56 
 
 
270 aa  145  5e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.2 
 
 
270 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.61 
 
 
267 aa  144  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.63 
 
 
268 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.9 
 
 
269 aa  142  5e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.56 
 
 
307 aa  142  6e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.34 
 
 
272 aa  142  8e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.36 
 
 
273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.95 
 
 
268 aa  138  8.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.37 
 
 
272 aa  138  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.73 
 
 
321 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.77 
 
 
266 aa  135  6.0000000000000005e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.91 
 
 
283 aa  134  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  34.31 
 
 
271 aa  135  9.999999999999999e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  35.07 
 
 
286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  35.03 
 
 
284 aa  133  3e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  34.96 
 
 
275 aa  132  5e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.36 
 
 
304 aa  132  9e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.23 
 
 
283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  34.51 
 
 
268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.64 
 
 
267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.67 
 
 
332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.32 
 
 
276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  32.21 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.28 
 
 
282 aa  127  3e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  36.5 
 
 
269 aa  125  7e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  33.79 
 
 
275 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.51 
 
 
284 aa  123  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.38 
 
 
279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  36.4 
 
 
280 aa  121  1.9999999999999998e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.98 
 
 
279 aa  120  3e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.21 
 
 
275 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.03 
 
 
292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  36.3 
 
 
316 aa  112  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  33.83 
 
 
303 aa  108  7.000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.27 
 
 
269 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.21 
 
 
316 aa  102  8e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.23 
 
 
285 aa  96.7  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.63 
 
 
290 aa  95.1  1e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.5 
 
 
280 aa  93.2  4e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  27.67 
 
 
389 aa  92.4  7e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.23 
 
 
252 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1087  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.21 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199948  normal  0.0146207 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.02 
 
 
266 aa  77  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.004624  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5470  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.6 
 
 
282 aa  75.1  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.66 
 
 
248 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.88 
 
 
289 aa  72.4  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00455486  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  31.03 
 
 
246 aa  69.7  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1885  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.39 
 
 
314 aa  68.9  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.114831  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  32.5 
 
 
245 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  31.96 
 
 
250 aa  68.6  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.41 
 
 
265 aa  68.2  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  29.77 
 
 
265 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.41 
 
 
261 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_87970  predicted protein  30.41 
 
 
306 aa  67.8  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000586786  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  27.21 
 
 
275 aa  67  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.66 
 
 
223 aa  66.2  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.357101  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2845  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.54 
 
 
269 aa  66.2  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.164972  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.69 
 
 
322 aa  65.9  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  32.98 
 
 
372 aa  65.9  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.06 
 
 
283 aa  65.5  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.914691 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1180  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.21 
 
 
338 aa  64.7  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000228447  hitchhiker  0.0000274792 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.3 
 
 
306 aa  65.1  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  32.46 
 
 
373 aa  65.1  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1908  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.24 
 
 
226 aa  63.9  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2613  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.92 
 
 
285 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  31.6 
 
 
260 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0572  RNA methyltransferase  31.02 
 
 
252 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1909  RNA methyltransferase  29.44 
 
 
256 aa  63.2  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000520024  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  30.61 
 
 
256 aa  62.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.13 
 
 
250 aa  62.8  0.000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4141  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
271 aa  62.4  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000328587  hitchhiker  0.000303347 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0863  rRNA (adenosine-2'-O-)-methyltransferase  37.14 
 
 
264 aa  62.4  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.833783  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.1 
 
 
256 aa  62.4  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2929  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  23.85 
 
 
263 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.24 
 
 
248 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1270  RNA methyltransferase  29.15 
 
 
251 aa  61.6  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.907902  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>