More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_13580 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  100 
 
 
269 aa  525  1e-148  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  73.44 
 
 
267 aa  346  2e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  62.04 
 
 
271 aa  337  8e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.05 
 
 
279 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.48 
 
 
276 aa  326  3e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.69 
 
 
269 aa  323  2e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.23 
 
 
269 aa  313  1.9999999999999998e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  59.06 
 
 
275 aa  287  1e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  57.36 
 
 
284 aa  287  1e-76  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.52 
 
 
269 aa  284  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.96 
 
 
267 aa  283  1.0000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  54.95 
 
 
286 aa  282  3.0000000000000004e-75  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.34 
 
 
272 aa  279  3e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.31 
 
 
283 aa  277  1e-73  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  52.84 
 
 
292 aa  271  6e-72  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.28 
 
 
273 aa  271  9e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.31 
 
 
282 aa  267  1e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.48 
 
 
307 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.88 
 
 
272 aa  265  4e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.23 
 
 
332 aa  262  4e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.99 
 
 
321 aa  261  6.999999999999999e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.36 
 
 
304 aa  261  8e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  51.08 
 
 
275 aa  261  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.9 
 
 
279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  52.08 
 
 
268 aa  248  1e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  53.56 
 
 
280 aa  244  9.999999999999999e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  53.12 
 
 
316 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.26 
 
 
275 aa  242  3.9999999999999997e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.65 
 
 
292 aa  239  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  49.81 
 
 
303 aa  225  5.0000000000000005e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  45.08 
 
 
267 aa  210  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45 
 
 
290 aa  208  8e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.15 
 
 
280 aa  205  6e-52  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.49 
 
 
270 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.49 
 
 
270 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.11 
 
 
270 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  44.06 
 
 
288 aa  194  1e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.94 
 
 
275 aa  194  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.7 
 
 
268 aa  192  4e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.08 
 
 
266 aa  186  3e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.55 
 
 
283 aa  182  7e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.1 
 
 
284 aa  175  6e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.7 
 
 
268 aa  171  1e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 
268 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.91 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.73 
 
 
266 aa  142  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.7 
 
 
269 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  37.36 
 
 
279 aa  138  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.62 
 
 
269 aa  138  7.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.08 
 
 
275 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  37.5 
 
 
276 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  43.52 
 
 
226 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.26 
 
 
275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.75 
 
 
272 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.94 
 
 
274 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.64 
 
 
269 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.58 
 
 
316 aa  123  3e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.87 
 
 
269 aa  122  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  30 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.31 
 
 
274 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.24 
 
 
291 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.53 
 
 
269 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  27.48 
 
 
389 aa  105  1e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.25 
 
 
285 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0221  RNA methyltransferase  31.09 
 
 
226 aa  92.8  6e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0462  RNA methyltransferase  20.53 
 
 
255 aa  90.9  2e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  23.36 
 
 
267 aa  90.1  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  37.76 
 
 
245 aa  88.6  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  40.12 
 
 
288 aa  87.8  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.34 
 
 
246 aa  86.3  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.92 
 
 
251 aa  86.3  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1196  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.34 
 
 
246 aa  86.3  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  29.51 
 
 
265 aa  85.9  7e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1290  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.51 
 
 
200 aa  85.9  7e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0856  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30 
 
 
296 aa  84.7  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.24 
 
 
261 aa  83.6  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2039  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  31.8 
 
 
277 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.928617 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.62 
 
 
265 aa  83.6  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  25.29 
 
 
254 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  25.29 
 
 
254 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.95 
 
 
286 aa  83.2  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  31.92 
 
 
246 aa  83.2  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  25.36 
 
 
274 aa  83.6  0.000000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  31.89 
 
 
260 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1180  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.55 
 
 
338 aa  82.8  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000228447  hitchhiker  0.0000274792 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.1 
 
 
248 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  31.88 
 
 
246 aa  82.8  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  25.29 
 
 
265 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  24.9 
 
 
265 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.63 
 
 
256 aa  82.4  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  24.9 
 
 
254 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  24.9 
 
 
254 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.58 
 
 
272 aa  81.6  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000452495  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.39 
 
 
246 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.71 
 
 
276 aa  82  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235223  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  24.52 
 
 
254 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  24.52 
 
 
254 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1899  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.74 
 
 
251 aa  80.9  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.342149  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2978  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.1 
 
 
248 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.27358  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.15 
 
 
256 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>