More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3374 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3374  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 121 aa  249  9.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.103489  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4245  response regulator receiver domain-containing protein  92.56 
 
 		 121 aa  236  9e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0522  CheY protein  91.74 
 
 		 121 aa  233  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.757769 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3676  response regulator receiver  91.74 
 
 		 121 aa  232  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3918  response regulator receiver domain-containing protein  90.91 
 
 		 121 aa  230  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.734494 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1819  response regulator receiver protein  90.91 
 
 		 121 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6557  chemotaxis protein cheY  90.08 
 
 		 121 aa  228  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.803572  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0526  chemotaxis protein cheY  73.55 
 
 		 129 aa  200  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.958591 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1693  response regulator receiver protein  75.83 
 
 		 121 aa  197  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.26323  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4836  response regulator receiver protein  73.33 
 
 		 121 aa  194  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.442815  hitchhiker  0.0072817 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0660  response regulator receiver protein  64.46 
 
 		 124 aa  174  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.711341 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4033  response regulator receiver protein  67.23 
 
 		 130 aa  174  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102003  normal  0.596674 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0522  response regulator receiver domain-containing protein  64.46 
 
 		 123 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1531  response regulator receiver  67.23 
 
 		 140 aa  169  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0584637 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1712  response regulator receiver protein  64.17 
 
 		 137 aa  169  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.599884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1811  response regulator receiver protein  67.23 
 
 		 140 aa  169  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.000108366  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0096  response regulator receiver protein  66.94 
 
 		 121 aa  164  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0434623 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0067  response regulator receiver protein  61.98 
 
 		 122 aa  154  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1534  putative chemotaxis protein cheY  60.53 
 
 		 121 aa  146  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.358935 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1738  response regulator receiver protein  54.55 
 
 		 124 aa  139  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0418251 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1910  response regulator receiver  50 
 
 		 122 aa  123  8.000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0109911  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1570  response regulator receiver protein  52.17 
 
 		 127 aa  122  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1527  response regulator receiver protein, CheY  44.92 
 
 		 124 aa  110  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.439374 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2319  response regulator receiver protein  40.5 
 
 		 129 aa  104  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2212  response regulator receiver protein  41.88 
 
 		 122 aa  98.6  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5001  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 127 aa  97.1  7e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1787  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 141 aa  95.5  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.860265  normal  0.648843 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3597  response regulator receiver  40.83 
 
 		 131 aa  92.8  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.593554  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0323  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 127 aa  90.5  6e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.47332  normal  0.784994 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2000  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 127 aa  89  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1787  response regulator receiver protein  42.06 
 
 		 122 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1107  response regulator receiver protein  41.12 
 
 		 122 aa  87.8  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.91502 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2443  putative chemotaxis response regulator, CheY5  41.12 
 
 		 122 aa  87.8  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.451762  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3337  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 120 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3080  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 120 aa  87  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.425562 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3629  putative CheA signal transduction histidine kinases  37.29 
 
 		 2336 aa  86.3  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1813  putative hybrid two-component sensor and regulatory protein  39.66 
 
 		 2284 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.409027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4677  response regulator receiver domain-containing protein  38.98 
 
 		 121 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1038  sensory box histidine kinase/response regulator  40.78 
 
 		 513 aa  84.3  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3528  two component response regulator  31.62 
 
 		 119 aa  84  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3622  response regulator receiver protein  39.62 
 
 		 121 aa  84  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00707081 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3298  response regulator receiver protein  38.68 
 
 		 121 aa  84  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1398  response regulator receiver domain-containing protein  38.89 
 
 		 123 aa  84  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503734  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2296  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.94 
 
 		 394 aa  84  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2887  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.96 
 
 		 423 aa  84  7e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30890  response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  37.82 
 
 		 123 aa  83.6  9e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2920  response regulator receiver protein  38.84 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.525877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.13 
 
 		 711 aa  83.2  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0193  response regulator receiver protein  38.79 
 
 		 127 aa  81.6  0.000000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00528064  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3265  response regulator receiver protein  40 
 
 		 122 aa  81.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00411  chemotaxis protein CheY  39.62 
 
 		 121 aa  81.3  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0843  response regulator receiver protein  34.51 
 
 		 251 aa  81.3  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000594696  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2097  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 121 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.371893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2365  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 121 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00457125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2248  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 121 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0611  response regulator receiver protein  38.53 
 
 		 121 aa  80.9  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  40.91 
 
 		 443 aa  80.9  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0187  response regulator receiver protein  35.59 
 
 		 120 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2607  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 120 aa  80.5  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2096  CheA signal transduction histidine kinases  37.93 
 
 		 2301 aa  80.5  0.000000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2111  Fis family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 121 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1880  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 121 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.578036 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3585  response regulator receiver protein  42.45 
 
 		 119 aa  80.5  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2370  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.81 
 
 		 414 aa  80.1  0.000000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0278  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 121 aa  80.5  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.143889  normal  0.948049 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2900  putative CheA signal transduction histidine kinase  37.29 
 
 		 1974 aa  80.1  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0324  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 126 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.336165  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.25 
 
 		 612 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3302  chemotaxis response regulator, CheY4  41.12 
 
 		 121 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.930651  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.98 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2094  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 121 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.911812 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1763  response regulator receiver  36.97 
 
 		 121 aa  80.1  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0631  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 121 aa  79.7  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2219  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 121 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1991  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 574 aa  80.1  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1518  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 767 aa  79  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0706082  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1447  response regulator receiver protein  38.68 
 
 		 121 aa  79.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3223  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 132 aa  79  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197956  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 		 802 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0325  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314809  normal  0.535249 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2174  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  32.74 
 
 		 474 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1625  response regulator receiver domain-containing protein  41.28 
 
 		 120 aa  78.6  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.608115 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1055  two component signal transduction response regulator  37.25 
 
 		 734 aa  78.6  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148851  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1575  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.35 
 
 		 577 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.09451  normal  0.420465 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0435  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 383 aa  78.6  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4812  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197217 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  35.65 
 
 		 795 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2317  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 120 aa  77.8  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.357454  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25160  response regulator  38.39 
 
 		 356 aa  78.2  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0930  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000284085  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1860  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0167  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.6 
 
 		 1499 aa  77.4  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0114  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 120 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0673  CheA signal transduction histidine kinases  37.38 
 
 		 1989 aa  77.4  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.765625  normal  0.432631 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3564  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0923704 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3298  hypothetical protein  36.75 
 
 		 121 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.765394 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3467  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 		 1131 aa  77.4  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.257486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>