More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0910 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
136 aa  267  4e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  59.09 
 
 
153 aa  154  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.3 
 
 
150 aa  147  6e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.33 
 
 
275 aa  147  6e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.72 
 
 
133 aa  142  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.78 
 
 
150 aa  141  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.32 
 
 
157 aa  132  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  53.91 
 
 
283 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.09 
 
 
159 aa  116  9e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  45.19 
 
 
236 aa  114  3.9999999999999997e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.62 
 
 
527 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.54 
 
 
155 aa  98.6  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 
139 aa  97.1  7e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  45.38 
 
 
139 aa  97.1  7e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
126 aa  79.3  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  37.3 
 
 
132 aa  76.6  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.3 
 
 
132 aa  75.5  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.9 
 
 
212 aa  75.1  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.12 
 
 
121 aa  75.1  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.2 
 
 
121 aa  74.7  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.35 
 
 
140 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.74 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.04 
 
 
228 aa  67.4  0.00000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.06 
 
 
231 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.03 
 
 
141 aa  66.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.89 
 
 
130 aa  64.3  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.95 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  34.21 
 
 
118 aa  62  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.21 
 
 
251 aa  62  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
117 aa  62  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  33.33 
 
 
154 aa  61.6  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
154 aa  61.6  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.3 
 
 
144 aa  61.6  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  32.84 
 
 
141 aa  61.6  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.12 
 
 
210 aa  61.6  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.03 
 
 
207 aa  60.8  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.97 
 
 
143 aa  60.8  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  40.21 
 
 
134 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  31.53 
 
 
120 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  31.53 
 
 
120 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  31.53 
 
 
120 aa  60.5  0.000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.81 
 
 
140 aa  60.5  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.26 
 
 
144 aa  60.5  0.000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  37.14 
 
 
110 aa  60.5  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.88 
 
 
206 aa  59.7  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.15 
 
 
118 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.27 
 
 
108 aa  59.3  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.05 
 
 
118 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.05 
 
 
118 aa  59.3  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.57 
 
 
212 aa  59.3  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.3 
 
 
118 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.11 
 
 
234 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  39.18 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.67 
 
 
118 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.11 
 
 
146 aa  58.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  31.4 
 
 
134 aa  57.8  0.00000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.47 
 
 
114 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.04 
 
 
104 aa  58.2  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
253 aa  58.2  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  31.58 
 
 
118 aa  57.8  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  35.14 
 
 
143 aa  57  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
145 aa  57  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  41.33 
 
 
134 aa  57  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0583  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.89 
 
 
127 aa  56.2  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.74 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30 
 
 
149 aa  56.2  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.74 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.54 
 
 
120 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  39.29 
 
 
124 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.71 
 
 
121 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.06 
 
 
146 aa  55.5  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.69 
 
 
257 aa  55.5  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.4 
 
 
158 aa  55.1  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.96 
 
 
143 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.85 
 
 
144 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  36.36 
 
 
130 aa  54.3  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
132 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 
207 aa  54.3  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.52 
 
 
124 aa  54.3  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
223 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.37 
 
 
205 aa  54.3  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34 
 
 
120 aa  53.9  0.0000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.68 
 
 
135 aa  53.9  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.24 
 
 
118 aa  53.9  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  47.27 
 
 
152 aa  53.9  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.5 
 
 
243 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.51 
 
 
120 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.19 
 
 
134 aa  53.5  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 
120 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.5 
 
 
243 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.51 
 
 
120 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.27 
 
 
120 aa  53.5  0.0000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.26 
 
 
151 aa  53.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.24 
 
 
114 aa  53.5  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 
129 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.17 
 
 
139 aa  53.5  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 
150 aa  53.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  35.94 
 
 
243 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.84 
 
 
145 aa  53.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>