More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3865 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3865  50S ribosomal protein L1  100 
 
 		 231 aa  455  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.100026 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1344  50S ribosomal protein L1  91.34 
 
 		 231 aa  424  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0377064  normal  0.0460128 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3471  50S ribosomal protein L1  79.65 
 
 		 230 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  77.92 
 
 		 232 aa  374  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  77.92 
 
 		 232 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  80.09 
 
 		 229 aa  370  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3200  50S ribosomal protein L1  78.32 
 
 		 229 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2278  50S ribosomal protein L1  77.88 
 
 		 229 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  78.79 
 
 		 231 aa  368  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3361  50S ribosomal protein L1  81.22 
 
 		 232 aa  363  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.235181  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1528  50S ribosomal protein L1  81.42 
 
 		 230 aa  361  6e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  78.32 
 
 		 233 aa  360  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1347  50S ribosomal protein L1  80.89 
 
 		 230 aa  358  3e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1321  50S ribosomal protein L1  77.97 
 
 		 233 aa  358  6e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.18039 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1896  50S ribosomal protein L1  79.22 
 
 		 235 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0132214  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5086  50S ribosomal protein L1  80.26 
 
 		 230 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00155922  normal  0.872957 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0365  50S ribosomal protein L1  77.92 
 
 		 235 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.716572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1702  50S ribosomal protein L1  72.29 
 
 		 232 aa  343  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.311882  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2726  ribosomal protein L1  74.03 
 
 		 233 aa  343  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181132  normal  0.31349 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0336  50S ribosomal protein L1  72.29 
 
 		 232 aa  343  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28407  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0350  50S ribosomal protein L1  72.29 
 
 		 232 aa  343  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.81183  normal  0.731209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3843  50S ribosomal protein L1  78.45 
 
 		 232 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528602  normal  0.697118 
 
 
-
 
NC_004310  BR1247  50S ribosomal protein L1  78.6 
 
 		 233 aa  340  1e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.123881  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1208  50S ribosomal protein L1  78.6 
 
 		 233 aa  340  1e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1944  50S ribosomal protein L1  78.17 
 
 		 233 aa  339  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.160034  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  73.33 
 
 		 232 aa  339  2.9999999999999998e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2545  50S ribosomal protein L1  72.29 
 
 		 232 aa  338  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2957  50S ribosomal protein L1  70.35 
 
 		 231 aa  333  2e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502013 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0568  50S ribosomal protein L1  74.67 
 
 		 232 aa  330  1e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000788355  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0261  50S ribosomal protein L1  70.43 
 
 		 232 aa  329  3e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0744  50S ribosomal protein L1  71.11 
 
 		 233 aa  327  7e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00583178 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4368  50S ribosomal protein L1  79.31 
 
 		 232 aa  326  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3999  50S ribosomal protein L1  79.31 
 
 		 232 aa  326  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.981145 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0230  50S ribosomal protein L1  71.11 
 
 		 232 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.365606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4480  50S ribosomal protein L1  79.31 
 
 		 232 aa  325  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0876536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0564  50S ribosomal protein L1  67.56 
 
 		 232 aa  324  9e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1955  50S ribosomal protein L1  70.35 
 
 		 230 aa  323  2e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  68.28 
 
 		 232 aa  320  9.999999999999999e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2698  50S ribosomal protein L1  69.13 
 
 		 233 aa  299  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  63.2 
 
 		 234 aa  291  5e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  63.2 
 
 		 234 aa  291  5e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1441  50S ribosomal protein L1  64.5 
 
 		 232 aa  290  1e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0252476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  62.34 
 
 		 234 aa  288  4e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  61.4 
 
 		 233 aa  287  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  60.61 
 
 		 233 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  61.04 
 
 		 234 aa  283  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  61.95 
 
 		 233 aa  283  1.0000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  60.53 
 
 		 233 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  61.9 
 
 		 234 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 		 233 aa  282  3.0000000000000004e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  60.61 
 
 		 234 aa  281  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  61.06 
 
 		 231 aa  280  1e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  60.53 
 
 		 233 aa  279  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  61.64 
 
 		 237 aa  278  7e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0834  50S ribosomal protein L1  64.65 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  56.71 
 
 		 231 aa  275  6e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  61.9 
 
 		 232 aa  274  7e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  58.85 
 
 		 233 aa  274  8e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2970  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 231 aa  271  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  271  7e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3317  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 231 aa  271  7e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  58.01 
 
 		 232 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  269  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  269  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  58.01 
 
 		 232 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  269  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3348  50S ribosomal protein L1  57.83 
 
 		 232 aa  269  2.9999999999999997e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  268  5e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2345  ribosomal protein L1  55.51 
 
 		 233 aa  268  5e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0238114  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  266  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  267  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  56.71 
 
 		 232 aa  266  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  57.08 
 
 		 230 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  58.82 
 
 		 235 aa  264  8.999999999999999e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  57.85 
 
 		 230 aa  264  1e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 		 230 aa  264  1e-69  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0837  50S ribosomal protein L1P  60.7 
 
 		 229 aa  263  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0423664  normal  0.0981496 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  56.64 
 
 		 235 aa  264  1e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0525  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 		 233 aa  263  2e-69  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.546526  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0506  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 		 233 aa  263  2e-69  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.0000000000000573906  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2993  50S ribosomal protein L1  57.96 
 
 		 235 aa  263  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1624  50S ribosomal protein L1  58.52 
 
 		 230 aa  263  2e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 		 229 aa  263  2e-69  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1459  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 		 233 aa  263  2e-69  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000386293  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4328  50S ribosomal protein L1  58.85 
 
 		 238 aa  262  3e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0182  LSU ribosomal protein L1P  56.89 
 
 		 233 aa  262  3e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000240107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0395  50S ribosomal protein L1P  54.11 
 
 		 231 aa  261  8e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.780238  hitchhiker  0.00704539 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0350  ribosomal protein L1  55.31 
 
 		 234 aa  259  2e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0695995  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3936  50S ribosomal protein L1  57.52 
 
 		 238 aa  259  2e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2334  ribosomal protein L1  55.02 
 
 		 231 aa  259  4e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000592022  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0269  50S ribosomal protein L1  58.95 
 
 		 230 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0927887  hitchhiker  0.00154879 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4434  50S ribosomal protein L1  68.97 
 
 		 229 aa  258  5.0000000000000005e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>