More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2112 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 313 aa  608  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  96.17 
 
 		 313 aa  558  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  95.21 
 
 		 313 aa  552  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  75.33 
 
 		 301 aa  417  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  76.57 
 
 		 302 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 322 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 302 aa  350  2e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  61.06 
 
 		 315 aa  340  2e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 304 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 307 aa  332  5e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 311 aa  332  6e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  60.62 
 
 		 304 aa  331  1e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 324 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  56.44 
 
 		 307 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  59.25 
 
 		 302 aa  329  4e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 307 aa  325  5e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 325 aa  325  5e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 310 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 310 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 310 aa  321  8e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  58.25 
 
 		 299 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  59.93 
 
 		 307 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  53.47 
 
 		 308 aa  307  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 305 aa  305  6e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 308 aa  298  5e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 305 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 305 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  54.15 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 305 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 305 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 335 aa  219  7e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.96 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.72 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  41.26 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 307 aa  203  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 307 aa  203  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.04 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.91 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 294 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 306 aa  197  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 295 aa  195  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  40.68 
 
 		 308 aa  195  8.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 304 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 310 aa  192  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.42 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.5 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 306 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 343 aa  185  7e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>