73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4878 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  100 
 
 		 155 aa  315  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  74.19 
 
 		 197 aa  232  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  63.23 
 
 		 187 aa  207  5e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  34.44 
 
 		 211 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  38.16 
 
 		 202 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  31.33 
 
 		 206 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  30.32 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  42.35 
 
 		 759 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  32 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1018  PAS domain-containing protein  34.59 
 
 		 195 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.011057  normal  0.147153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4390  PAS domain-containing protein  31.68 
 
 		 200 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000850983  normal  0.838012 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 		 582 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  36.05 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 		 674 aa  57.8  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.63 
 
 		 767 aa  54.7  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 		 810 aa  54.3  0.0000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  32.52 
 
 		 204 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  33.68 
 
 		 691 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 977 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 		 883 aa  52  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 		 793 aa  50.4  0.000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  28.57 
 
 		 847 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  25.32 
 
 		 1099 aa  50.4  0.000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 789 aa  50.4  0.000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.36 
 
 		 998 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  31 
 
 		 1215 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.09 
 
 		 1514 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 689 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 674 aa  48.9  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.95 
 
 		 1514 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 1532 aa  48.1  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.95 
 
 		 922 aa  47.4  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.11 
 
 		 845 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  30.12 
 
 		 691 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 686 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  24.03 
 
 		 223 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  31.36 
 
 		 945 aa  45.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 		 987 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.68 
 
 		 1224 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.22 
 
 		 1808 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 		 858 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4695  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.18 
 
 		 526 aa  44.7  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.756017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 		 1009 aa  44.3  0.0007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  26.25 
 
 		 956 aa  43.9  0.0009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 		 1171 aa  43.5  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.47 
 
 		 384 aa  43.5  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 		 603 aa  43.5  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 989 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.86 
 
 		 1084 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  26.67 
 
 		 827 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0810  multi-PAS sensor  28.04 
 
 		 1116 aa  42.4  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.915221  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.52 
 
 		 1785 aa  42.7  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 		 943 aa  42.7  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1694  PAS sensor protein  35.53 
 
 		 431 aa  42  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000092635  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.86 
 
 		 1148 aa  41.6  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  31.18 
 
 		 918 aa  41.6  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  26.05 
 
 		 2279 aa  41.6  0.004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 		 830 aa  41.2  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 		 575 aa  41.2  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.51 
 
 		 1767 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  25.53 
 
 		 1141 aa  41.2  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3578  hypothetical protein  30.12 
 
 		 188 aa  41.2  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2537  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 		 675 aa  41.2  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  34.41 
 
 		 1225 aa  40.8  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27 
 
 		 1103 aa  40.8  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  27 
 
 		 1092 aa  40.8  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2249  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 		 1143 aa  40.8  0.008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.673162  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 		 1273 aa  40.4  0.008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 		 514 aa  40.4  0.009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.51 
 
 		 1784 aa  40.4  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.98 
 
 		 860 aa  40.4  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.51 
 
 		 1782 aa  40.4  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.51 
 
 		 1792 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>